北宋置咸宁县。1949年，现境内分属大冶专区和黄冈专区。大冶专区，辖鄂城、大冶、阳新、通山、通城、崇阳、咸宁、武昌等8县，专署驻大冶县（1950年迁驻鄂城县）。1951年原沔阳专区所属嘉鱼、蒲圻2县划入大冶专区。1952年撤销大冶专区，将阳新、大冶、鄂城3县划归黄冈专区；武昌、咸宁、通山、通城、崇阳、嘉鱼、蒲圻7县划归孝感专区；现境内分属孝感专区和黄冈专区。1959年分属武汉市和黄冈专区。1961年分属孝感专区和黄冈专区。
1965年设咸宁专区，专署驻咸宁县温泉镇，辖孝感专区长江以南的咸宁、武昌（驻纸坊镇）、通山、崇阳、通城、蒲圻、嘉鱼7县和黄冈专区的阳新、鄂城2县。1970年咸宁专区改称咸宁地区，地区驻咸宁县温泉镇，辖咸宁、阳新、通山、通城、嘉鱼、武昌（驻纸坊镇）、鄂城、崇阳、蒲圻等9县。1979年，将武昌县划归武汉市领导，将鄂城县划归黄冈地区领导。
1983年8月19日，国务院批准撤销咸宁县，设立咸宁市（县级）。1986年5月27日，国务院批准撤销蒲圻县，设立蒲圻市（县级）。1996年12月2日，国务院批准（国函[1996]112号）将咸宁地区管辖的阳新县划归黄石市管辖。至此，咸宁地区面积9835平方千米，人口265.8万人，辖咸宁、蒲圻2市和通山、崇阳、通城、嘉鱼4县，行署驻咸宁市温泉。
1998年6月11日，民政部（民行批[1998]22号）批复将蒲圻市更名为赤壁市。1998年12月6日，国务院批准：（1）撤销咸宁地区和县级咸宁市，设立地级咸宁市。（2）咸宁市设立咸安区，以原咸宁市的行政区域为咸安区的行政区域。（3）新设的咸宁市辖咸安区，及原咸宁地区的嘉鱼县、通城县、崇阳县、通山县。原咸宁地区的赤壁市由省直辖。
2000年第五次全国人口普查，咸宁市总人口2700678人。其中：咸安区567598人，嘉鱼县358646人，通城县427867人，崇阳县456792人，通山县378849人，赤壁市510926人。
2004年末，咸宁市总面积10022平方千米，总人口约276.9万人。辖1个市辖区、4个县，代管1个县级市。共有6个街道、51个镇、12个乡，131个居委会、1034个村委会。