黄州区，春秋为黄国地，战国为邾邑地，南朝齐属齐安郡。唐、宋、元、明、清均置黄州府。民国八年（1919）设黄州区。1949年黄冈县亦设黄州区，1950年析置黄州镇归区直辖。1951年划黄州镇属黄冈区，1952年划归为县辖镇。1983年黄州镇属黄州区，部分村划入鄂州市，更名为黄州区。1987年2月27日，国务院批准撤销鄂州市黄州区，将原黄州区恢复为县辖镇，划归黄冈县（国函[1987]41号）。1990年12月26日，国务院批准撤销黄冈县，设立黄州市（县级）。
1995年12月23日，国务院批准：（1）撤销黄冈地区和黄州市，设立地级黄冈市，市人民政府驻新设立的黄州区七一路。（2）黄冈市设立黄州区、团风县。黄州区辖原黄州市的赤壁、东湖、禹王3个街道办事处和路口、堵城2个镇及陶店、王家店2个乡，区人民政府驻宝山路；团风县辖原黄州市的团风、方高坪、淋山河、马曹庙、上巴河、回龙山、总路嘴、但店8个镇和王家坊、溢流河、滚子河、杜皮、贾庙5个乡，县政府驻团风镇。1996年5月正式实施。
1996年，撤销王家店乡，设立陈策楼镇。黄州区面积353平方千米，人口约34.2万人。辖3个街道、3个镇、1个乡：赤壁街道、禹王街道、东湖街道、堵城镇、路口镇、陈策楼镇、陶店乡。
2000年第五次人口普查，黄州区总人口373568人，其中：赤壁街道168526人，东湖街道13179人，禹王街道24413人，路口镇24838人，堵城镇30029人，陈策楼镇28136人，陶店乡24308人，黄州火车站开发区5235人，黄州区开发区41538人，南湖农场13366人。
2004年末，黄州区总人口342123人。辖3个街道、3个镇、1个乡：赤壁街道、禹王街道、东湖街道、堵城镇、路口镇、陈策楼镇、陶店乡。共有33个居委会、95个村委会。
2005年末，黄州区辖4个街道、3个镇、1个乡。共有33个居委会、89个村委会。
2010年第六次人口普查，黄州区常住总人口366769人，其中：赤壁街道156011人，东湖街道21939人，禹王街道22977人，南湖街道16593人，路口镇21550人，堵城镇25416人，陈策楼镇25856人，陶店乡19654人，火车站开发区4753人，黄冈经济开发区52020人。
2014年，堵城镇被列为全国重点镇。