春秋属夔子国地。西汉元始二年(公元前205年),置秭归县。缘其地为楚三闾大夫屈原之故乡,“屈原有贤姊,闻原放还,亦来归……因名曰秭归。”北周建德六年置秭归郡,避郡县同名改秭归县为长宁县。隋开皇三年改长宁县为秭归县。唐武德二年(619年)置归州,辖秭归、巴东二县,次年辖秭归、巴东、兴山三县。天宝元年(742年)改置巴东郡、治秭归。乾元年(758年)复置归州。
元至元十四年(1277年)升为归州路,隶湖广行中书省,十六年(1380年)降为州。明洪武九年(1376年)废归州置秭归县,隶夷陵州。十年(1377年)再改秭归为长宁县,十三年(1380年)裁长宁县复置归州,辖兴山、巴东二县。清雍正七年(1729年)升归州为直隶州,隶湖北省,辖长阳、兴山、巴东、恩施四县并容美、龙潭19个土司。十三年(1735年)降为县级州,属宜昌府,不再辖县。民国元年(1912年)改为秭归县。
1949年属宜昌专区,1959年属宜都工业区,1961年复属宜昌专区,1970年属宜昌地区。1991年6月15日,民政部批复(民行批[1991]18号)同意秭归县政府驻地由归州镇迁至剪刀峪(即现在的茅坪镇)。1992年属宜昌市。
1996年,秭归县面积2427平方千米,人口约42万人。辖7个镇、7个乡:茅坪镇、香溪镇、屈原镇、沙镇溪镇、两河口镇、郭家坝镇、杨林桥镇、梅家河乡、磨坪乡、文化乡、水田坝乡、泄滩乡、周坪乡、芝兰乡。县政府驻茅坪镇。
2000年第五次人口普查,秭归县总人口398043人,其中:茅坪镇77966人,香溪镇35643人,屈原镇21472人,沙溪镇37831人,两河口镇31848人,郭家坝镇36208人,杨林桥镇28155人,水田坝乡36899人,泄滩乡15439人,梅家河乡19465人,磨坪乡13130人,文化乡18314人,周坪乡13479人,芝兰乡12194人。
2004年末,秭归县总人口391574人。辖茅坪、屈原、归州、沙镇溪、两河口、郭家坝、杨林桥7镇,水田坝、泄滩、梅家河、磨坪、周坪5乡,6个居委会、186个村委会。
2009年,撤销周坪乡,设立九畹溪镇,以原周坪乡的行政区域为九畹溪镇的行政区域,镇政府驻周坪。
2010年第六次人口普查,秭归县常住总人口367107人,其中:茅坪镇101620人,归州镇26155人,屈原镇16839人,沙镇溪镇30996人,两河口镇23649人,郭家坝镇46708人,杨林桥镇26082人,九畹溪镇22657人,水田坝乡31180人,泄滩乡12586人,梅家河乡17267人,磨坪乡11368人。