西汉高祖十一年（公元前196）置扶沟县。据《水经注》，县境“有扶亭，又有洧水沟，故县有扶沟之名。”晋末废县，北魏复置。
1996年?，扶沟县面积1129平方千米，人口67.5万人。辖8个镇、7个乡：城关镇、崔桥镇、白潭镇、江村镇、包屯镇、大新镇、练寺镇、韭园镇、城郊乡、大李庄乡、古城乡、柴岗乡、曹里乡、吕潭乡、汴岗乡。县政府驻城关镇。
2000年第五次人口普查，扶沟县总人口666779人，其中：城关镇43260人、崔桥镇49884人、江村镇57464人、白潭镇45901人、韭园镇50672人、练寺镇46689人、大新镇36770人、包屯镇45619人、汴岗镇42391人、曹里乡41534人、柴岗乡42744人、古城乡42758人、吕潭乡47151人、大李庄乡26337人、城郊乡40068人、农牧场虚拟乡7537人。
2005年末，扶沟县辖9个镇、6个乡：城关镇、崔桥镇、江村镇、韭园镇、包屯镇、白潭镇、练寺镇、大新镇、汴岗镇、曹里乡、柴岗乡、古城乡、吕潭乡、大李庄乡、城郊乡。
2010年12月6日，经河南省人民政府（豫民行批[2010]54号）批准，扶沟县撤销城关镇；将城郊乡的北大王庄、北石桥、小李庄、邵庄、小胡庄、东五村、李堂、马家场、万岗、南园、郑关、七里井12个村委会，大李庄乡的六上、七里桥、柳毛、高庄、八里庙、大张庄6个村委会，农牧场的陆桥、刘营、高楼、荣庄、何老、南张6个村委会划入城区；将柴岗乡的前许岗、后许岗、张力士庄、丁庄、庞庄5个村委会划归城郊乡；设立桐丘、扶亭2个街道，实行城市化管理体制。桐丘街道辖南关、大寺、书院、西关、鼓楼、花园6个居委会，马家场、李堂、东五村、小胡庄、万岗、南园、郑关、七里井8个村委会；扶亭街道辖北石桥、邵庄、小李庄、北大王庄、七里桥、六上、柳毛、高庄、八里庙、大张庄、陆桥、刘营、高楼、南张、何老、荣庄16个村委会。
全县现辖2个街道、8个镇、6个乡：桐丘街道、扶亭街道、崔桥镇、江村镇、白潭镇、韭园镇、练寺镇、大新镇、包屯镇、汴岗镇、曹里乡、柴岗乡、古城乡、吕潭乡、大李庄乡、城郊乡。县政府驻桐丘街道。