西汉置郎陵县。北宋初改确山县，以县城东南六里的确山为名。1965年由信阳专区改属驻马店专区。
1996年?，确山县面积2023平方千米，人口56.8万，辖5个镇、13个乡：盘龙镇、留庄镇、新安店镇、任店镇、竹沟镇、刘店乡、普会寺乡、杨店乡、双河乡、顺山店乡、李新店乡、古城乡、三里河乡、朱古洞乡、石滚河乡、瓦岗乡、蚁蜂乡、胡庙乡。县政府驻盘龙镇。
2000年，确山县辖7个镇、11个乡。第五次人口普查，确山县常住总人口553157人，其中：盘龙镇39945人、竹沟镇24542人、任店镇43886人、新安店镇23161人、留庄镇47529人、刘店镇47776人、蚁蜂镇19190人、三里河乡50337人、朱古洞乡25633人、胡庙乡36839人、石滚河乡18661人、瓦岗乡23254人、李新店乡22304人、双河乡27248人、杨店乡19078人、顺山店乡23486人、普会寺乡23893人、古城乡36395人。
2001年12月25日，经国务院批准（国函[2001]172号）将确山县的古城乡、朱古洞乡、胡庙乡划归驻马店市驿城区管辖。
2005年，确山县乡镇行政区划调整：撤销杨店乡，将其行政区域划归双河乡管辖，双河乡政府驻地不变；撤销顺山店乡，将其行政区域划归新安店镇管辖，新安店镇政府驻地不变。调整后，确山县辖7个镇、6个乡：盘龙镇、任店镇、留庄镇、刘店镇、竹沟镇、蚁蜂镇、新安店镇、三里河乡、普会寺乡、石滚河乡、瓦岗乡、李新店乡、双河乡。
2009年7月8日，确政文[2009]64号文件批复，根据驻政文[2009]98号和驻政文[2009]99号精神，双河乡、瓦岗乡撤乡建镇；9月15日，确政文[2009]100号批复，根据驻政文[2009]159号精神，石滚河乡撤乡建镇；12月21日，省民政厅（豫民行批[2009]47号）批复，经省政府批准，将确山县蚁蜂镇整建制划归驻马店市驿城区管辖；12月27日，李新店乡正式撤乡设镇。全县辖10个镇、2个乡：盘龙镇、竹沟镇、任店镇、新安店镇、留庄镇、刘店镇、瓦岗镇、双河镇、石滚河镇、李新店镇、三里河乡、普会寺乡。
2010年第六次人口普查，确山县常住总人口406021人，其中：盘龙镇47008人，竹沟镇23789人，任店镇35935人，新安店镇39607人，留庄镇40254人，刘店镇36843人，蚁蜂镇17889人，瓦岗镇19616人，双河镇39429人，石滚河镇17466人，李新店镇19359人，三里河乡50034人，普会寺乡18792人。
2014年，竹沟镇、留庄镇被列为全国重点镇。
2014年7月6日，经河南省政府批准，省民政厅（豫民行批[2014]31号）批复同意驻马店市行政区划作如下调整：一、将驻马店市驿城区朱古洞乡的北泉、老臧庄2建制村划归确山县三里河乡管辖。二、将确山县刘店镇的双楼、鲍庄2建制村划归确山县三里河乡管辖。三、撤销确山县盘龙镇、三里河乡建制，对其原辖行政区域实行城市管理体制。设立街道办事处具体事宜由驻马店市政府按照《河南省街道办事处设置有关规定》进行审批，并将批准结果报河南省民政厅备案。