五代置建昌县，明置石阡镇，因镇内石阡河得名。一说石阡为仡佬族地名，石为石崖，阡意为洞，则有考于侗语“天”的汉译音，在侗语中“天”是“千”，石阡的得名，是以县城东的五老山和五老山第一峰——龙山崖畔的“风鬼洞”。永乐十一年（1413）置石阡府，民国二年（1913）改石阡县。1949年11月解放，建立县人民政府，属铜仁专区。
1996年，石阡县辖7个镇、11个乡（其中9个民族乡）：汤山镇、龙塘镇、白沙镇、本庄镇、花桥镇、五德镇、中坝镇、甘溪仡佬族侗族乡、坪山仡佬族侗族乡、国荣乡、聚凤仡佬族侗族乡、河坝场乡、龙井侗族仡佬族乡、大沙坝仡佬族侗族乡、枫香侗族仡佬族乡、青阳苗族仡佬族侗族乡、石固仡佬族侗族乡、坪地场仡佬族侗族乡。县政府驻汤山镇。
2000年第五次人口普查，石阡县总人口334508人，其中：汤山镇45472人，本庄镇37618人，白沙镇22909人，龙塘镇28705人，花桥镇15144人，五德镇15401人，中坝镇15003人，河坝场乡16686人，国荣乡13286人，聚风仡佬族侗族乡17292人，龙井仡佬族侗族乡22880人，大沙坝仡佬族侗族乡15093人，枫香仡佬族侗族乡8301人，青阳苗族仡佬族侗族乡10823人，石固仡佬族侗族乡12289人，坪地场仡佬族侗族乡18092人，甘溪仡佬族侗族乡12209人，坪山仡佬族侗族乡7305人。
2003年末，石阡县总人口38.4万人，其中少数民族23.2万人；非农业人口2.37万人。辖7个镇、11个乡（其中9个民族乡），301个村委会、5个社区居委会。
2007年末，石阡县总面积2173平方千米，总人口39.16万人，其中非农业人口2.92万人。辖7个镇、11个乡（其中9个民族乡），87个行政村、5个社区。
2010年第六次人口普查，石阡县常住总人口304387人，其中：汤山镇56972人，本庄镇34497人，白沙镇19354人，龙塘镇24452人，花桥镇12770人，五德镇12796人，中坝镇12010人，河坝场乡13596人，国荣乡10185人，聚凤仡佬族侗族乡15778人，龙井仡佬族侗族乡20492人，大沙坝仡佬族侗族乡13884人，枫香仡佬族侗族乡6788人，青阳苗族仡佬族侗族乡8916人，石固仡佬族侗族乡10311人，坪地场仡佬族侗族乡15245人，甘溪仡佬族侗族乡9787人，坪山仡佬族侗族乡6554人。2010年末，石阡县常住人口30.45万人。
2011年末，石阡县面积2173平方千米。常住人口30.27万人；户籍人口410233人，其中农业人口375230人，非农业人口35003人。辖7个镇、11个乡（其中9个民族乡），9个社区、302个行政村。