北宋大观三年（1109年）置仁怀县，属滋州。宣和三年，降县为堡，属泸州郡。元置仁怀长官司、古滋长官司，均属播州安抚司。明万历二十九年（1601）复置仁怀县（治今赤水），属遵义府。
清雍正五年（1727年）随府改属贵州布政司。雍正八年，移县治于生界亭子坝，“十一年知县杜诠领帑项一万五千零八十两建城，至十三年新城就”。1995年11月30日经国务院批准撤县设市。
1996年，仁怀市辖12个镇、6个乡：城关镇、坛厂镇、长岗镇、鲁班镇、五马镇、茅坝镇、九仓镇、喜头镇、大坝镇、三合镇、二合镇、合马镇、后山苗族布依族乡、火石岗乡、学孔乡、高大坪乡、龙井乡、沙滩乡。市政府驻城关镇。
2000年第五次人口普查，仁怀市总人口520759人，其中：中枢镇73917人，茅台镇43825人，坛厂镇23594人，长岗镇22342人，鲁班镇34164人，五马镇26511人，茅坝镇34457人，九仓镇23836人，喜头镇22201人，大坝镇33259人，三合镇32142人，合马镇18556人，二合镇24964人，龙井乡15685人，后山乡9228人，学孔乡18569人，高大坪乡32671人，火石岗乡19709人，沙滩乡11129人。
2003年末，仁怀市总人口60.32万人，其中少数民族1.73万人；非农业人口5.59万人。辖13个镇、6个乡（其中1个民族乡），22个社区、149个行政村。
2004年5月21日，经省政府批准，仁怀市撤销城关镇，设立茅台镇和中枢街道；仁怀市政府驻地改为中枢街道。
2007年末，全市总面积1788平方千米，总人口62.97万人，其中非农业人口7.85万人。辖1个街道、12个镇、6个乡，171个行政村（社区）。
2008年，撤销中枢街道，设立中枢、盐津、苍龙三个街道（省政府2007年12月27日批准）。
2010年第六次人口普查，仁怀市常住总人口546477人，其中：盐津街道38233人，中枢街道77874人，苍龙街道24875人，茅台镇46714人，坛厂镇22402人，长岗镇17584人，鲁班镇35407人，五马镇25624人，茅坝镇30027人，九仓镇19264人，喜头镇20888人，大顼镇30197人，三合镇26583人，合马镇15485人，二合镇21434人，龙井乡13701人，后山苗族布依族乡7811人，学孔乡16869人，高大坪乡30059人，火石岗乡16814人，沙滩乡8632人。2010年末，全市常住人口54.66万人。
2011年末，仁怀市面积1788平方千米，常住人口54.77万人，户籍人口67.00万人，辖3个街道、12个镇、6个乡（其中1个民族乡），27个居委会、146个行政村。