汉至隋为毋敛县地，宋置南丹州。元改南丹安抚司，明再复南丹州，1919年改南丹县。
1996年，南丹县面积3917平方千米，人口约26.5万人。辖7个镇、6个乡（其中3个民族乡）：城关镇、大厂镇、车河镇、小场镇、六寨镇、芒场镇、月里镇、罗富乡、吾隘乡、巴定乡、中堡苗族乡、八圩瑶族乡、里湖瑶族乡。县政府驻城关镇。
1999年12月28日，广西壮族自治区人民政府同意吾隘乡改为镇建制，原辖行政区域不变（桂政函[1999]216号）。调整后，南丹县辖8个镇、5个乡（其中3个民族乡）。
2000年第五次人口普查，南丹县总人口318844人。其中：城关镇37083人，大厂镇58636人，车河镇28983人，小场镇22797人，芒场镇24313人，六寨镇27757人，月里镇21774人，吾隘镇15936人，罗富乡24179人，巴定乡13272人，中堡苗族乡6673人，八圩瑶族乡19782人，里湖瑶族乡17659人。
2001年3月14日，广西壮族自治区人民政府（桂政函[2001]41号）同意南丹县城关镇和小场镇合并组建新的城关镇。将罗富乡莲花村委会，坡旁村的拉么、上巴牙、下巴牙、莫德、林屯、旁高自然屯，雍里村的必弄、拉路自然屯和大厂镇扬州村的纳必、拉岜、新田、简索、田洞自然屯划归城关镇管辖。
2003年，南丹县辖7个镇、5个乡（其中3个民族乡）：城关镇、大厂镇、车河镇、芒场镇、六寨镇、月里镇、吾隘镇、罗富乡、巴定乡、中堡苗族乡、八圩瑶族乡、里湖瑶族乡。
2005年6月13日，广西壮族自治区政府（桂政函[2005]169号）同意撤销巴定乡，整建制并入六寨镇，六寨镇政府驻地不变。调整后，全县辖7个镇、4个乡（其中3个民族乡）：城关镇、大厂镇、车河镇、芒场镇、六寨镇、月里镇、吾隘镇、罗富乡、中堡苗族乡、八圩瑶族乡、里湖瑶族乡。