原为富川、昭平二县属地。1916年析置钟山县，1953年与富川县合置富钟县，1962年更名钟山县。
1996年，钟山县面积1861平方千米，人口约42.8万人。辖15个镇、2个民族乡：钟山镇、西湾镇、望高镇、城厢镇、羊头镇、回龙镇、同古镇、石龙镇、凤翔镇、珊瑚镇、公安镇、红花镇、燕塘镇、清塘镇、英家镇、花山瑶族乡、两安瑶族乡。县政府驻钟山镇。
2000年第五次人口普查，钟山县总人口460021人。其中：钟山镇43271人，城厢镇41992人，西湾镇24255人，望高镇32206人，羊头镇37181人，回龙镇35655人，石龙镇25940人，凤翔镇25473人，珊瑚镇16196人，同古镇23770人，公安镇45421人，英家镇14165人，清塘镇28988人，燕塘镇22382人，红花镇20530人，花山瑶族乡7644人，两安瑶族乡14952人。
2002年6月18日，国务院（国函[2002]51号）批准同意将西湾镇划归贺州市八步区管辖。2002年12月31日，广西壮族自治区政府（桂政函[2002]250号）同意钟山县燕塘镇政府驻地从燕塘街迁移至张屋村委会。
2003年，钟山县辖14个镇、2个民族乡：钟山镇、城厢镇、望高镇、羊头镇、回龙镇、石龙镇、凤翔镇、珊瑚镇、同古镇、公安镇、英家镇、清塘镇、燕塘镇、红花镇、花山瑶族乡、两安瑶族乡。
2005年6月13日，广西壮族自治区政府（桂政函[2005]170号）同意调整钟山县部分乡镇的行政区划：撤销城厢镇，整建制并入钟山镇，钟山镇政府驻原城厢镇河东路；撤销英家镇，整建制并入清塘镇，清塘镇政府驻地不变。
调整后，全县辖12个镇、2个民族乡：钟山镇、望高镇、羊头镇、回龙镇、石龙镇、凤翔镇、珊瑚镇、同古镇、公安镇、清塘镇、燕塘镇、红花镇、花山瑶族乡、两安瑶族乡。
2007年，将望高、羊头2镇划归平桂管理区管理。钟山县实际管辖10个镇、2个民族乡。