因境内圭江向北流而得名。1994年4月18日，民政部批复（民行批[1994]60号）：经国务院批准，同意撤销北流县，设立北流市。1997年4月22日，国务院（国函[1997]26号）批准同意原玉林地区的北流市由自治区直辖。1998年5月9日，广西自治区政府同意北流市由玉林市代管。
1996年，北流市面积2475平方千米，人口约105万人。辖23个镇：北流镇、新荣镇、民安镇、山围镇、民乐镇、西埌镇、新圩镇、大里镇、塘岸镇、清水口镇、隆盛镇、大坡外镇、六麻镇、新丰镇、沙垌镇、平政镇、扶新镇、白马镇、大伦镇、六靖镇、石窝镇、华东镇、清湾镇。市政府驻北流镇。
2000年第五次人口普查，北流市总人口1049035人。其中：北流镇160538人，新荣镇31453人，民安镇32303人，山围镇28678人，民乐镇56621人，西垠镇47118人，新圩镇58767人，大里镇41244人，塘岸镇43851人，清水口镇38028人，隆盛镇65092人，大坡外镇37596人，六麻镇65760人，新丰镇39717人，沙垌镇24619人，平政镇55432人，白马镇32888人，大伦镇26106人，扶新镇18661人，六靖镇60029人，石窝镇37453人，华东镇11317人，清湾镇35764人。
2002年9月，设立陵城街道、城南街道、城北街道。调整后，北流市辖3个街道、23个镇：陵城街道、城南街道、城北街道、北流镇、新荣镇、民安镇、山围镇、民乐镇、西垠镇、新圩镇、大里镇、塘岸镇、清水口镇、隆盛镇、大坡外镇、六麻镇、新丰镇、沙垌镇、平政镇、白马镇、大伦镇、扶新镇、六靖镇、石窝镇、华东镇、清湾镇。（278个行政村、21个居委会）
2005年6月13日，广西壮族自治区政府（桂政函[2005]163号）同意撤销华东镇，整建制并入石窝镇，石窝镇政府驻地不变。
全市现辖3个街道、22个镇：陵城街道、城南街道、城北街道、北流镇、新荣镇、民安镇、山围镇、民乐镇、西垠镇、新圩镇、大里镇、塘岸镇、清水口镇、隆盛镇、大坡外镇、六麻镇、新丰镇、沙垌镇、平政镇、白马镇、大伦镇、扶新镇、六靖镇、石窝镇、清湾镇。市政府驻陵城街道。