1995年10月27日，国务院（国函[1995]96号）批准同意贵港市升格为地级市，设立港南区、港北区。港南区辖原县级贵港市的东津、桥圩、湛江、木格、木梓5个镇和八塘、新塘、瓦塘、横岭、平悦、思怀6个乡和贵城镇南江村公所、木松岭居委会，区政府驻江南大道。【注：1995年，撤销八塘乡，设立八塘镇；港南区实际管辖东津、桥圩、湛江、木格、木梓、八塘6个镇和新塘、瓦塘、横岭、平悦、思怀5个乡及贵城镇南江村公所、木松岭居委会】
1996年6月18日，自治区政府批复将港南区南江村公所、木松岭居委会，八塘镇的高北、大新，新塘乡的大郑、西村、杩桕、山边、三平、三岸、陈村，横岭乡的新陆、苏湾、新蒙、湴村等15个村公所（居委会）划归（港北区）贵城镇管辖；港南区政府驻桥圩镇。
1996年，港南区面积1028平方千米，人口约50万人。辖6个镇、5个乡：桥圩镇、八塘镇、木格镇、木梓镇、湛江镇、东津镇、平悦乡、瓦塘乡、思怀乡、横岭乡、新塘乡。区政府驻桥圩镇。
2000年第五次人口普查，港南区总人口392427人。其中：桥圩镇79445人，木格镇50934人，木梓镇39030人，湛江镇46320人，东津镇52581人，八塘镇25898人，新塘乡24224人，瓦塘乡25861人，平悦乡18346人，横岭乡16182人，思怀乡13606人。
2001年2月28日，广西壮族自治区政府（桂政函[2001]26号）同意将港北区贵城镇的木松岭居委会、南江、三平、山边、大郑、乌桕、三岸、新陆、新蒙、苏湾、高北、大新、陈村、西村、湴村村委会划归港南区管辖，以上15个村（居）委会划归街道办事处或乡镇管理的问题由贵港市政府研究决定；港南区与港北区以郁江为界；将港南区政府驻地由桥圩镇迁回市区江南大道。
2003年，港南区辖1个街道、6个镇、5个乡：江南街道、桥圩镇、木格镇、木梓镇、湛江镇、东津镇、八塘镇、新塘乡、瓦塘乡、平悦乡、横岭乡、思怀乡。
2005年7月19日，广西壮族自治区政府（桂政函[2005]206号）同意调整港南区部分乡镇的行政区划：撤销思怀乡，整建制并入瓦塘镇，瓦塘镇政府驻地不变；撤销横岭乡，整建制并入八塘镇，八塘镇政府驻地不变；撤销平悦乡，整建制并入木格镇，木格镇政府驻地不变。
调整后，全区辖1个街道、6个镇、2个乡：江南街道、桥圩镇、木格镇、木梓镇、湛江镇、东津镇、八塘镇、新塘乡、瓦塘乡。区政府驻江南街道。