1984年始建区。1990年7月21日，广西壮族自治区人民政府批准（桂政函[1990]20号）：北海市郊区的地角镇和西塘乡的徐屋、谭屋、张屋、大乪、体育里、塘仔、石子岭、三合口、沈四、油行、火烧床、屋仔、发宝、红坎、沙井头、丁屋、劳屋、上村、陈屋、莫屋、后塘、李屋等22自然村，以及高德镇的勒棚村划归海城区管辖；同时，将地角镇改为街道办事处，作为海城区人民政府的派出机构。
1994年12月17日，国务院批准（国函[1994]137号）：扩大海城区的行政区域，将原郊区的涠洲镇（含斜阳岛）、高德镇的马栏、军屯、开江、垌尾、翁山、赤西、高农8个村公所和第一、第二、沙脚、岭底、庙山5个居委会及平阳村公所的螺壳村、龙沟芦村，西塘镇的西塘、西边垌、驿马3个村公所划归海城区管辖。区人民政府驻北部湾大道。将大墩海、南氵万、新村3个居委会划归银海区管辖。
至此，海城区面积140平方千米，人口约21万人。辖5个街道、1个镇：地角街道、海角街道、西街街道、中街街道、东街街道、涠洲镇。区政府驻环卫路。
1996年7月经自治区政府批准设立靖海镇。至此，海城区辖东街、中街、西街、海角、地角5个街道和涠洲、靖海2个镇，51个居委会、20个行政村。
1998年4月经自治区政府批准设立驿马镇。调整后，海城区辖5个街道、3个镇：中街街道、东街街道、西街街道、海角街道、地角街道、靖海镇、涠州镇、驿马镇。
2000年第五次人口普查，海城区总人口273413人。其中：中街街道46402人，东街街道40798人，西街街道44995人，海角街道39914人，地角街道15434人，靖海镇28900人，涠洲镇11978人，驿马镇44992人。
2005年6月21日，广西壮族自治区政府（桂政函[2005]175号）同意调整海城区部分镇的行政区划：撤销驿马镇，改设街道办事处，以原驿马镇的行政区域为该街道办事处的辖区；撤销靖海镇，改设街道办事处，以原靖海镇的行政区域为该街道办事处的辖区。同年7月4日，海城区政府下发《关于撤销靖海镇改设为高德街道办事处和撤销驿马镇改设为驿马街道办事处的通知》（北城政发[2005]7号）。
至此，全区辖7个街道、1个镇：中街街道、东街街道、西街街道、海角街道、地角街道、高德街道、驿马街道、涠州镇。