“合作”一词系藏语音译，原音译“黑措”，意为“羚羊聚居（出没）的地方”。清雍正年间属兰州府循化厅管理下的南番二十一寨中的黑措寨。道光二十六年（1846年）后，黑措和美武属洮州厅。民国年间为夏河设治局第四区。
1953年，甘南藏族自治区（后改为州）成立时，选定黑措为州府驻地，于1954年作初步规划，1955年开始全面建设。1956年5月，州人民委员会所属部分机关率先从夏河县拉卜楞迁来此地办公，镇名亦同时改为合作，既取藏语谐音，又象征民族团结、和睦。【一说，1956年7月14日，甘南藏族自治州驻地由夏河县拉卜楞镇迁驻黑错，并将藏语“黑错”的音译名称调整为“合作”（意即“羚羊”）】
1996年5月28日，民政部（民行批[1996]35号）批准同意设立合作市（县级），以夏河县的合作镇（即甘南州政府所在地）及那吾、佐盖曼玛、佐盖多玛、卡加曼、卡加道、勒秀、加茂贡等7乡为合作市的行政区域，市人民政府驻合作镇。1998年1月1日合作市政府正式挂牌成立。
1998年12月31日，撤销合作镇，设立伊合昂、当周、坚木克尔、通钦等4个街道（2000年1月18日4个街道办事处正式挂牌成立）。合作市辖4个街道、7个乡：当周街道、伊合昂街道、坚木克尔街道、通钦街道、卡加曼乡、卡加道乡、佐盖多玛乡、佐盖曼玛乡、加茂贡乡、勒秀乡、那吾乡，共有8个居委会、37个村委会，293个村民小组。
2000年第五次人口普查，全市常住总人口76027人，其中，当周街道9236人，伊合昂街道11434人，坚木克尔街道12091人，通钦街道12353人，卡加曼乡3462人，卡加道乡2459人，佐盖多玛乡3620人，佐盖曼玛乡6217人，加茂贡乡3899人，勒秀乡4751人，那吾乡6505人。
2005年12月13日，甘肃省民政厅甘民区复[2005]59号批复：撤销加茂贡乡，并入勒秀乡。《甘南藏族自治州人民政府办公室转发省民政厅关于甘南藏族自治州部分乡镇行政区划调整的批复的通知》（州政办发[2006]9号）：撤销加茂贡乡，并入勒秀乡，乡政府驻地设在现勒秀乡驻地。
2005年末，合作市辖4个街道、6个乡：伊合昂街道、当周街道、坚木克尔街道、通钦街道、那吾乡、卡加曼乡、卡加道乡、佐盖多玛乡、佐盖曼玛乡、勒秀乡。共有8个居委会、37个村委会、293个村民小组，15876户77100人，2008平方千米。
2008年末，全市辖6个乡，38个行政村，249个村民小组。农业人口0.55万户3.40万人。（不含城区部分）
2010年第六次人口普查，合作市常住总人口90290人，其中，当周街道15629人，伊合昂街道12168人，坚木克尔街道13441人，通钦街道17910人，卡加曼乡2986人，卡加道乡2427人，佐盖多玛乡3940人，佐盖曼玛乡5879人，勒秀乡9057人，那吾乡6853人。