西汉中期置允吾县。三国魏废县。1929年由临夏县析置永靖县。取“永远平靖”之意得名。1958年并入临夏市，1961年恢复永靖县（驻莲花城）。1962年县城由莲花城迁驻小川。
1996年，永靖县面积1870平方千米，人口19.6万人，其中回族占10.4%，东乡、保安、土、藏族占1.6%。辖2个镇、17个乡：刘家峡镇、盐锅峡镇、刘家峡乡、关山乡、徐顶乡、陈井乡、三条岘乡、西河乡、王坪乡、坪沟乡、新寺乡、段岭乡、川城乡、小岭乡、王台乡、杨塔乡、红泉乡、三塬乡、岘塬乡。县政府驻刘家峡镇。
2000年第五次人口普查，永靖县常住总人口192033人，其中，刘家峡镇32190人，盐锅峡镇25723人，刘家峡乡19484人，西河乡11834人，三塬乡16243人，蚬塬乡8622人，关山乡8037人，徐顶乡4549人，陈井乡11919人，三条岘乡3960人，坪沟乡3956人，段岭乡4786人，王坪乡3825人，新寺乡4835人，川城乡7203人，小岭乡6361人，王台乡6718人，红泉乡6740人，杨塔乡5048人。
2004年，永靖县辖10个镇、9个乡：刘家峡镇、盐锅峡镇、太极镇、西河镇、三塬镇、岘塬镇、陈井镇、川城镇、王台镇、红泉镇、关山乡、徐顶乡、三条岘乡、坪沟乡、段岭乡、王坪乡、新寺乡、小岭乡、杨塔乡。
2008年末，全县面积1894平方千米，农业人口3.68万户16.14万人。辖10个镇、7个乡：刘家峡镇、盐锅峡镇、太极镇、西河镇、三塬镇、岘塬镇、陈井镇、川城镇、王台镇、红泉镇、关山乡、徐顶乡、三条岘乡、坪沟乡、新寺乡、小岭乡、杨塔乡，139个行政村，1114个村民小组。
2010年第六次人口普查，永靖县常住总人口180161人，其中，刘家峡镇48505人，盐锅峡镇22372人，太极镇20475人，西河镇10181人，三塬镇15803人，岘塬镇7700人，陈井镇7865人，川城镇5246人，王台镇5987人，红泉镇3939人，关山乡6530人，徐顶乡3348人，三条岘乡3266人，坪沟乡4181人，新寺乡6174人，小岭乡5417人，杨塔乡3172人。