是全国三个哈萨克族自治县之一，甘肃省唯一一个以哈萨克族为主体民族的少数民族自治县。阿克塞，系哈萨克语，意为白石滩。西汉以来先后属龙勒、鸣沙、寿昌、敦煌县地。
1953年析敦煌县以南的海子为中心地区置阿克塞哈萨克族自治区筹备委员会，1954年4月26日成立阿克塞哈萨克族自治区（县级），驻博罗转井。1955年改名为阿克塞哈萨克族自治县。1995年1月，国务院批准同意阿克塞县政府驻地由博罗转井镇迁至红柳湾镇。1996年初，新县城建设工作全面启动。1998年县城正式由博罗转井镇迁至红柳湾镇。
1996年，阿克塞哈萨克族自治县面积3.3万平方千米，人口0.8万人，其中哈萨克族占40.7%。辖2镇5乡：博罗转井镇、红柳湾镇、和平乡、民主乡、团结乡、建设乡、多坝沟乡。县政府驻博罗转井镇。
2000年第五次人口普查，阿克塞哈萨克族自治县常住总人口8891人，其中，红柳湾镇6481人，和平乡446人，多坝沟乡346人，民主乡522人，团结乡605人，建设乡491人。
2005年，全县总面积3.1万平方千米，总人口9100人，其中哈萨克族约3760人，占全县总人口的41.3%。辖1镇5乡：红柳湾镇、和平乡、多坝沟乡、民主乡、团结乡、建设乡。共14（一说13）个行政村。
2006年12月，阿克塞县将6个乡镇合并为3个乡镇，13个村合并为10个村：团结乡、建设乡合并为阿勒腾乡，和平乡、多坝沟乡合并为阿克旗乡，民主乡并入红柳湾镇。
2008年末，阿克塞哈萨克族自治县面积34104平方千米，农村人口0.10万户0.30万人。辖1个镇、2个乡：红柳湾镇、阿克旗乡、阿勒腾乡，4个社区、10个行政村，13个村民小组。
2010年第六次人口普查，阿克塞哈萨克族自治县常住总人口10545人，其中，红柳湾镇10079人，阿克旗乡347人，阿勒腾乡119人。