1988年1月7日，国务院批准撤销清远县，设立清远市（地级），原清远县分为清城、清郊两个市辖区。1992年撤销清远市清郊区，设立清新县。
2000年第五次全国人口普查，全县总人口531226人，其中：江口镇17246人、高田镇13338人、太和镇47478人、回澜镇25304人、太平镇40595人、山塘镇37834人、三坑镇36630人、秦皇镇3388人、珠坑镇8637人、石马镇17470人、南冲镇15943人、石坎镇20867人、龙颈镇16912人、禾云镇16551人、鱼坝镇15295人、新洲镇21739人、沙河镇21643人、浸潭镇54350人、石潭镇50220人、桃源镇15402人、白湾镇8824人、清华镇3673人、升平镇20409人、笔架林场1478人。
2002年，清新县辖太和、鱼坝、高田、升平、江口、山塘、回澜、三坑、太平、泰皇、石马、南冲、石坎、珠坑、龙颈、桃源、禾云、沙河、浸潭、石潭、白湾、新洲、清侨23个镇，289个村委会、23个居委会。
2003年，根据省、市党委政府的文件及省民政厅粤民区[2002]48号文件精神，清新县委、县政府已于5月21日前顺利完成秦皇镇和回澜镇撤并工作。（1）撤销后的秦皇镇，其管辖的行政区域并入太平镇，目前太平镇管辖原秦皇镇和太平镇的行政区域范围，辖1个居委会和30个村委会，总面积207.5平方千米，总人口62056人，太平镇人民政府驻地不变。（2）撤销后的回澜镇，其管辖的回澜居委会和飞水、井塘、白莲、塔脚、告星、新洲、万群、万星、五星9个村委会的行政区域并入太和镇，回正、低地、大湾3个村委会的行政区域并入山塘镇。调整后的太和镇管辖原太和镇2个居委会，3个村委会和原回澜镇1个居委会，9个村委会，总面积86平方千米，总人口74330人，太和镇人民政府驻地不变。山塘镇管辖原山塘镇1个居委会，17个村委会和原回澜镇3个村委会，总面积84.6平方千米，总人口55497人，山塘镇人民政府驻地不变。
2004年，清新县区划调整，由23个镇撤并为9个镇，其中：撤销禾云、沙河、鱼坝3个镇，设立新的禾云镇；撤销龙颈、珠坑、石马、石坎、南冲5镇，合并设立新的龙颈镇；合并后全镇总面积583.7平方千米，总人口11万多人。调整后，清新县辖太和、飞来峡、山塘、三坑、太平、龙颈、禾云、浸潭、石潭9个镇。
2009年，广东省民政厅《关于同意清新县飞来峡镇划归清远市清城区管辖的批复》(粤民区[2009]5号)，将清新县飞来峡镇划归清城区管辖。2009年末，清新县面积2353.41平方千米，辖8个镇，20个居委会、179个行政村。县政府驻太和镇
2012年12月，撤销清新县，设立清远市清新区，以原清新县的行政区域为清新区的行政区域。