三国吴黄武元年（222）置平夷县。西晋太康元年（280）更名新夷县。南北朝置新会郡。隋开皇十年（590）撤郡置州，新会由郡改为县。1992年10月8日撤县设市。
1996年，新会市面积1641.6平方千米，人口84.7万人。辖18个镇：会城镇、大泽镇、七堡镇、司前镇、牛湾镇、罗坑镇、小冈镇、双水镇、崖西镇、崖南镇、沙堆镇、古井镇、三江镇、睦洲镇、大鳌镇、荷塘镇、棠下镇、杜阮镇。市政府驻会城镇。
2000年第五次人口普查，新会市总人口932425人，其中：会城镇276853人，大泽镇42316人，七堡镇12333人，司前镇71846人，牛湾镇9017人，罗坑镇25435人，小冈镇23275人，双水镇69838人，崖西镇29634人，崖南镇11971人，沙堆镇33260人，古井镇40872人，三江镇45612人，睦洲镇41251人，大鳌镇34127人，荷塘镇49530人，棠下镇62770人，杜阮镇52485人。
2002年6月22日，国务院批准（国函[2002]56号）：（1）撤销县级新会市，设立江门市新会区。新会区辖原县级新会市的会城镇、大泽镇、司前镇、沙堆镇、古井镇、三江镇、崖门镇、双水镇、罗坑镇、大鳌镇、睦洲镇。区人民政府驻会城镇。（2）原县级新会市的棠下镇、荷塘镇、杜阮镇划归江门市蓬江区管辖。
2003年，新会区辖会城、大泽、司前、沙堆、古井、三江 崖门、双水、罗坑、大敖、睦洲11个镇。
2005年，撤销会城镇，设立会城街道办事处，作为区政府的派出机关。会城街道办事处管辖原会城镇的行政区域范围，共有13个居委会和29个村委会，总面积140.66平方千米，户籍人口265170人。会城街道办事处驻原会城镇政府驻地（广东省民政厅2005年2月22日粤民区[2005]13号批复）（江门市人民政府2005年3月3日江府函[2005]16号批复）（新会区人民政府2005年4月25日新府函[2005]11号批复）。
2009年末，新会区面积1387平方千米，辖会城1个街道和大泽、司前、沙堆、古井、三江、崖门、双水、罗坑、大敖、睦洲10个镇，共有32个居委会、189个行政村。区政府驻会城街道同庆路1号。