2005年4月28日，国务院批准（国函[2005]35号）：设立广州市萝岗区。将白云区的萝岗街道，钟落潭镇的九佛、穗北2个居委会和红卫、凤尾、浦心、蟹庄、枫下、佛郎、燕塘、莲塘、山龙、重岗、黄田、何棠下、迳下、长庚14个村，黄埔区的夏港街道、荔联街道的笔岗居委会、穗东街道的东基和西基2个自然村，天河区新塘街道的玉树村，增城市中新镇的镇龙居委会和镇龙、迳头、九楼、大坦、麦村、金坑、均和、福洞、福山、大涵、汤村、旺村、洋田、新田14个村，新塘镇的贤江、新庄、永岗、禾丰4个村划归萝岗区管辖。萝岗区人民政府驻志城大道。
2006年1月26日，《广东省民政厅关于同意广州市萝岗区设立九龙镇和永和街道办事处的批复》（粤民区[2006]2号）：经省人民政府同意：一、设立九龙镇。九龙镇管辖从广州市白云区钟落潭镇划入的九佛、穗北2个居委会和红卫，凤尾、埔心、蟹庄、枫下、佛朗、燕塘、莲塘、山龙、重岗、黄田、何棠下、迳下、长庚14个村委会，以及从增城市中新镇划入的镇龙居委会和镇龙、迳头、九楼、大坦、麦村、金坑、均和、福洞、福山、大涵、汤村、旺村、洋田、新田14个村委会。共有3个居委会和28个村委会，总面积175.11平方公里，户籍人口6.8万人。镇政府驻镇九公路978号。二、设立永和街道办事处，作为广州市萝岗区政府的派出机关。永和街道办事处管辖从增城市新塘镇划入的贤江、新庄、永岗、禾丰4个村委会的区域，总面积32.96平方公里，户籍人口2.3万人。街道办事处驻永顺大道中1号。3月6日，广州市民政局下发《转发广东省民政厅关于同意广州市萝岗区设立九龙镇和永和街道办事处的批复》（穗民[2006]28号）。调整后，萝岗区共辖1个镇（九龙镇）、5个街道办事处（永和、夏港、萝岗、东区、联和）。
2008年末，萝岗区面积393.22平方千米，户籍总人口176315人。2009年末，萝岗区辖5个街道、1个镇：萝岗街道、夏港街道、东区街道、联和街道、永和街道、九龙镇，共有30个居委会、28个行政村。区政府驻香雪三路1号。
2010年第六次人口普查，萝岗区常住人口373656人，其中：夏港街道44528人，萝岗街道45717人，东区街道85235人，联和街道49867人，永和街道55044人，九龙镇93265人。
2014年，国务院批准同意撤销黄埔区、萝岗区，设立新的黄埔区，以原黄埔区、原萝岗区的行政区域为新的黄埔区的行政区域。黄埔区人民政府驻萝岗街道香雪三路1号。