南汉置敬州。北宋开宝四年（971年）改梅州，因地多梅花，并有梅溪，故名。元设梅州路，明属潮州府，清设嘉应直隶州，民国时先后属潮循道、第六行政督察区。1949年建国后设兴梅专区，1952年起先后属粤东行政区、汕头专区。1965年设梅县专区，1970年改称梅县地区，1988年改梅州市。
1924年设梅县，1979年设梅州市。1983年与梅县合并称梅县市。1988年复置梅州市。1988年1月7日，国务院批准撤销梅县地区、梅县市，设立梅州市（地级）、梅州市梅江区、梅县（驻扶大镇）。梅州市辖梅江区、梅县及原梅县地区的兴宁、五华、丰顺、大浦、平远、焦岭7县。
2000年第五次人口普查，梅州市常住总人口3802186人，其中：梅江区313821人、梅县516761人、大埔县352013人、丰顺县449769人、五华县879286人、平远县215856人、蕉岭县203173人、兴宁市871507人。
2002年末，梅州市辖1个市辖区、6个县，代管1个县级市，共有5个街道、161个镇，2089个村委会、236个居委会。
2003年5月，全市共有4个街道（包括经市政府批准成立的梅县新城街道，但未得到省政府批准）、154个镇，共有179个居委会、2082个村委会，33779个村民小组。
2005年末，梅州市辖1个市辖区、6个县，代管1个县级市，共有6个街道、104个镇。
2010年第六次人口普查，梅州市常住总人口4238461人，其中：梅江区380771人，梅县554745人，大埔县374666人，丰顺县478974人，五华县1050528人，平远县230045人，蕉岭县205849人，兴宁市962883人。
2012年9月24日，广东省民政厅（粤民区[2012]35号）批复：经省政府同意，将梅县西阳镇划归梅州市梅江区管辖。2012年末，全市面积15864.5平方千米（其中城区面积47.82平方千米）。户籍人口521.35万人；常住人口429.41万人，其中城镇人口187.09万人。
2013年10月18日，《国务院关于同意广东省调整梅州市部分行政区划的批复》（国函[2013]113号）：同意撤销梅县，设立梅州市梅县区，以原梅县的行政区域为梅县区的行政区域，梅县区人民政府驻程江镇宪梓南路13号。
2014年，梅县区松口镇、畲江镇、雁洋镇，大埔县湖寮镇、高陂镇，丰顺县丰良镇、阝留隍镇，五华县华城镇，平远县大柘镇，兴宁市罗浮镇共10个镇被列为全国重点镇。