秦置闽中郡。汉高祖五年（公元前202）闽越王无诸都此，称东冶，武帝后为冶县，属会稽郡。三国吴永安三年（260）属建安郡。晋太康三年（282）分建安郡立晋安郡，为郡治，属扬州，元康元年（291）属江州。南朝宋初领侯官、原丰、晋安、罗江、温麻5县，泰始四年（465）改晋平郡，齐建元二年（480）复称晋安郡，梁天监（502－519）中分设南安郡，普通六年（525）属东扬州。陈永定元年（557）属闽州，为州治。隋开皇九年（589）改为泉州。大业三年（607）州废，改为建安郡，领闽、建安、南安、龙溪4县，闽县为治所。
唐武德元年（618）改郡为建州，六年（623）复称泉州，八年（625）又改名丰州，置都督府。贞观元年（627）又称泉州，属岭南道。景云二年（711）改为闽州。开元十三年（725）始称福州，治福州，天宝元年（742）属江南东道，乾元元年（758）复称福州，领闽、侯官、长乐、福唐、连江、长溪、古田、尤溪8县。唐末，地为闽王氏所有。五代梁开平三年（909）王审知为闽王。闽长兴四年（933）闽王王延钧称帝，改福州为长乐府，领14县，闽天德二年（944）号为东都，析出顺昌，三年（945）闽亡，属南唐，五代汉乾佑元年（948），地为吴越所有，称福州威武军，分出尤溪、德化2县，五代周广顺元年（951）改彰武军。
宋太平兴国三年（978）复称福州威武军，属两浙西南路，六年（981）由闽县分立怀安县，雍熙二年（985）属福建路，为治所。景炎元年（1276）端宗即位于此，改福安府。元称福州路，领闽、侯官、怀安、古田、闽清、长乐、连江、罗源、永福9县及福清、福宁2州，属福建行中书省。明洪武元年（1368）改福州路为福州府，属福建布政使司，领闽、侯官、怀、古田、闽清、长乐、连江、罗源、永福、福清10县，万历八年（1580）怀安县并入侯官县。清顺治三年（1646）仍为福州府，属福建行省，领县仍旧，雍正十二年（1734）析古田县增置屏南县。
1912年废府，设东路道（1914年改闽海道），领闽侯、长乐、古田、屏南、闽清、永泰、连江、罗源、福清、平潭、宁德、霞浦、福鼎、福安、寿宁15县，为福建省省会。1925年废道。1933年11月20日“中华共和国人民革命政府”（即“福建人民政府”）及所属“闽海省”省会设此，为特别市。1934年为第一行政督察区（驻长乐），辖长乐、闽侯、福清、连江、罗源、永泰、平潭。1935年永泰属二区。1938年一区迁驻闽侯。1942年4月成立福州市政筹备处，1946年元旦划鼓楼、大根、小桥、台江、仓山5警区，正式设福州市。
1949年8月17日解放后，为省辖市，市区仍设5区。12月，实行市县划界，从林森县划入松鼓、双岳、西豹、净屏、江南、江北、双湖、白湖、开闽、平远10乡。市区面积由原来17平方千米扩大为206平方千米，增设洪山、鼓山2区。1950年市区增设水上区，市郊设鼓山、洪山、盖山3区。1952年市郊增设新店区。1955年撤鼓山、洪山、新店3区。1956年市区并为鼓楼、台江、仓山3区，市郊撤盖山区。1958年闽侯县划入，翌年划出。1960年市郊设鼓山、新店、马尾3区。1961年市郊增设北峰、建新、琅岐、亭江及盖山区。1962年连江、罗源2县划入，1963年又划出。
1968年9月鼓楼、台江、仓山更名红卫、赤卫、朝阳区（1978年4月复原名），10月设郊区。1970年撤郊区，市郊设北峰、马江2区。1973年闽侯县再划入。1975年市郊撤销北峰区，设郊区。1978年马江区并入郊区，增设环城区。1982年环城区并入郊区，另设马尾区。1983年闽清、永泰、长乐、福清、连江、罗源7县划入。全市总面积由解放初期的206平方千米扩大为11968平方千米（市区面积1043平方千米）。福清、长乐分别于1990年、1994年撤县设市（县级）。
1995年10月27日，国务院（国函[1995] 102号）批复同意福州市郊区更名为晋安区。并对福州市市辖区的行政区域作相应调整。（1）鼓楼区：辖水部、安泰、东街、鼓东、鼓西、华大、南街7个街道办事处，五四街道的思儿亭、汤边2个居委会，东门街道的东大、温泉、金汤、琼河、东水、琼新、河西、河东、东湖、澳桥、汤门11个居委会，从原郊区划入的洪山镇和新店镇的义井、湖前2个居委会，从台江区划入的茶亭街道的斗中、西营里、福中、九福庵4个居委会。区人民政府驻地不变。（2）台江区：辖瀛洲、新港、后洲、茶亭、洋中、双杭、苍霞、帮洲、义洲、上海新村10个街道办事处，从原郊区划入的台江镇及所辖的南公、曙光、红旗、双丰、红星5个居委会和洪山镇的祥坂、长汀、高桥3个居委会。区人民政府驻地不变。（3）仓山区：辖仓前、对湖、临江、上渡、下渡、三叉街6个街道办事处，从原郊区划入的建新、仓山、盖山、螺洲、城门5个镇。区人民政府驻地不变。（4）马尾区：辖马尾街道办事处和马尾镇，从原郊区划入的亭江、琅岐2个镇和岐山镇的魁岐、建坂、龙门、双协、快洲5个居委会。区人民政府驻地不变。（5）晋安区：辖鼓山、新店、宦溪3个镇和日溪、岭头、红寮、鼓楼4个乡，洪山镇的东门、紫阳2个居委会，台江镇的登云、鹤林、竹屿、岳峰、象园5个村（居）委会，从鼓楼区划入的王庄新村、东门、五四3个街道办事处和水部街道的紫阳、紫新、砌池、丝绸厂、福马5个居委会，从台江区划入新港街道的连潘、连辉、象园3个居委会。区人民政府驻鼓山镇。
1996年1月，福州市区行政区划正式调整。鼓楼区从原郊区划入洪山镇及新店镇的湖前村委会，从台江区划入茶亭街道的斗中、西营里、福中、九福庵4个居委会；划出晋安河以东的五四、王庄新村2个街道及原东门街道的塔头、桂香、康山、琯尾、晋安、浦一、浦二、浦三、浦四9个居委会和水部街道的紫阳、砌池、丝绸厂、紫新、福新5个居委会归晋安区；划出琼河、东西河以南水部街道办事处的龙庭、状元2个居委会归台江区；划出鼓西街道的农大居委会归仓山区；撤销东门街道，设立温泉街道；增设五凤街道。台江区从鼓楼区划入龙庭、状元2个居委会；从原郊区台江镇划入南公、红星、曙光、红旗、双丰5个行政村；从洪山镇划入祥坂、长汀、高桥3个行政村；划出茶亭街道的斗中、西营里、福中、九福庵4个居委会归鼓楼区；划出连潘、连辉、邦辉、象园4个居委会归晋安区；增设宁化、鳌峰2个街道。仓山区从原郊区划入建新、仓山、盖山、螺洲、城门5个镇，从鼓西街道划入农大居委会。马尾区从原郊区划入的亭江、琅岐2个镇和岐山镇的魁岐、建坂、龙门、双协、快洲5个居委会。郊区正式更名为晋安区，划出洪山镇归鼓楼区，划出建新、盖山、仓山、城门、螺洲5镇归仓山区，划出亭江、琅岐2镇归马尾区；划入鼓楼区的五四、王庄新村2个街道办事处并分别更名为茶园街道、王庄街道，增设象园街道，划入水部街道的紫阳、紫新、砌池、丝绸厂、福马5个居委会，划入原东门街道的塔头、桂香、康山、琯尾、晋安、浦一、浦二、浦三、浦四9个居委会；划入新港街道的连潘、连辉、象园、邦辉4个居委会。
2000年第五次人口普查，福州市常住总人口6386015人，其中：鼓楼区559858人，台江区368400人，仓山区482039人，马尾区203527人，晋安区510611人，闽候县580048人，连江县599962人，罗源县232351人，闽清县288598人，永泰县324344人，平潭县371922人，福清市1174540人，长乐市689815人。
2000年末，福州市常住人口639万人，其中市区人口212万人。全市辖5个区、6个县、2个市，共有33个街道、106个镇、50个乡（含待统一的连江县马祖乡）、2个民族乡，676个居委会、2438个村委会。2001年-2002年，全市辖5区2市6县，仍为33街道106镇50乡2民族乡（包括马祖乡）。2003年，全市辖5区2市6县，共有36街道105镇50乡2民族乡。
2004年末，全市常住总人口660万人，其中市区人口243万人；户籍总人口609.39万人，其中市区人口170.85万人；总面积11968平方千米，其中市区面积l036平方千米；共有34个街道、105个镇、46个乡（含待统一的连江县马祖乡）、2个民族乡，86个居委会、336个社区和2431个村委会。
2010年第六次人口普查，福州市常住总人口7115369人，其中：鼓楼区687705人，台江区446891人，仓山区762746人，马尾区231929人，晋安区792491人，闽侯县662118人，连江县561490人，罗源县207677人，闽清县237643人，永泰县249455人，平潭县357760人，福清市1234838人，长乐市682626人。