晋义熙九年（413）设绥安县，隶义安郡。南朝梁天监间（502－519）置龙溪、兰水县，属南安郡。隋开皇十二年（592）绥安、兰水县并入龙溪县，隶泉州（州治今福州）。唐垂拱二年（686）析龙溪县南部置漳州，辖漳浦、怀恩2县，州治设漳水之滨唐军中营屯所（今云霄县西林），后迁李澳川（今漳浦县城），属岭南道；开元二十九年（741）怀恩并入漳浦县，划泉州龙溪县来属。天宝元年（742）改名漳浦郡。乾元元年（758）复名漳州。大历十二年（777）析汀州龙岩县来属，漳州辖漳浦、龙溪、龙岩3县。贞元二年（786）州治迁龙溪（今漳州市区）。五代南唐保大四年（946）改为南州。
宋乾德四年（966）复名漳州，太平兴国五年（980）析泉州长泰县来属。元至元十六年（1279）改漳州路；至治二年（1322）析龙溪、漳浦、龙岩3县边境置南胜县（至正十六年即1356年改称南靖），漳州共领5县。明洪武元年（1368）改为漳州府，成化七年（1471）析龙岩县地置漳平县，正德十四年（1519）析南靖县地置平和县，嘉靖九年（1530）析漳浦县地置诏安县，四十五年十二月析龙溪、漳浦县地置海澄县，隆庆元年（1567）析龙岩、大田、永安部分县地置宁洋县。
清雍正十二年（1734）龙岩县升为直隶州，漳平、宁洋县归之。乾隆八年（1743）升龙溪县石码镇为厅（宣统三年即1911年撤销）。嘉庆三年（1798）以漳浦县的云霄镇和平和、诏安部分地置云霄厅，漳州府辖龙溪、漳浦、长泰、南靖、平和、诏安、海澄7县2厅。清末属汀漳龙道。1912年废府。1913年云霄厅改为云霄县，各县属西路道（1914年改称汀漳道）。1916年析诏安县地置东山县。1925年废道，直属福建省，同年析龙溪县地置华安县。1933年“中华共和国人民革命政府”（即“福建政府”）成立时属“龙汀（龙漳）省”。
1934年7月设第六行政督察区（驻漳浦，辖漳浦、诏安、南靖、平和、龙溪、长泰、海澄、东山、云霄9县）。1935年10月改为第五行政督察区（仍驻津浦，辖9县及石码特种区，1938年驻地迁龙溪，1940年驻平和）。1945年12月专署迁龙溪，1946年平和、南靖2县划归第六行政督察区，1947年4月平和、南靖、华安县来属，漳州辖10县。1949年9月至1950年5月各县相继解放（其中华安县于1949年11月解放，诏安县于1949年12月解放，东山县于1950年5月解放），为第六行政督察区。
1950年3月改为漳州专区，9月改为龙溪区。1951年6月析龙溪县城区和近郊置漳州市。1955年3月改名龙溪专区。1960年8月龙溪、海澄2县合并成立龙海县。1970年9月改为龙溪地区。1985年5月撤销龙溪地区，成立省辖地级漳州市，原漳州市改为芗城区。1993年龙海撤县设市。1996年增设龙文区。2000年，漳州市辖2区1市8县，共有7街道89镇22乡3民族乡。
2000年第五次人口普查，漳州市常住总人口4581675人。其中：芗城区433194人、龙文区134690人、云霄县403617人、漳浦县795347人、诏安县568156人、长泰县190288人、东山县206152人、南靖县342165人、平和县532649人、华安县159099人、龙海市816318人。
2002年，漳州市辖2区1市8县，共有7街道89镇21乡3民族乡。2003年末，漳州市户籍人口453.93万人，其中非农业人口125.89万人，辖2区1市8县，共有8街道88镇21乡3民族乡。
2010年第六次人口普查，漳州市常住总人口4809983人，其中：芗城区538186人，龙文区167463人，云霄县415835人，漳浦县802971人，诏安县597798人，长泰县206809人，东山县211505人，南靖县333969人，平和县498533人，华安县159152人，龙海市877762人。
2011年1月14日，福建省政府发布闽政文[2011]22号文件，经国务院批准，同意漳州市人民政府驻地由芗城区胜利路迁至龙文区步文镇。