平潭县别称岚。因主岛海坛岛适中有一平坦的巨石，俗称“平潭”，古称海坛，唐代为牧马场。宋初设牧马监，属福清县。清康熙十九年（1680）福清县海口东城的援剿镇改为海坛镇，二十二年（1683）移镇驻平潭（今潭城），雍正八年（1730）设县丞，嘉庆三年（1798）置平潭海防厅，属福州府。民国元年（1912）置平潭县，后属东路道、闽海道。1950年属闽侯专区，1956年属晋江专区，1959年属闽侯专区（1971年闽侯专区改称莆田地区）。1983年起划归福州市管辖。
民国25年（1936年）划为3个区，民国33年区署撤销，下设乡，民国35年划为潭城、苏澳2镇和中正、龙泉、中心、潭南、复兴5乡。1958年实行人民公社化，1961年划为12个公社，1983年划为14个公社。1984年实行政社分开，各公社分别改为乡（镇），共设3个镇12个乡。后陆续将2个乡改镇，设5镇10乡。
1996年，平潭县陆地面积321.4平方千米，其中有滩涂44.5平方千米，人口约36万人，辖5镇10乡：潭城镇、苏澳镇、流水镇、澳前镇、北厝镇、屿头乡、大练乡、白青乡、平原乡、芦洋乡、中楼乡、岚城乡、敖东乡、南海乡、东庠乡，县政府驻潭城镇。
2000年，撤销平原乡，设立平原镇；撤销敖东乡，设立敖东镇。2000年第五次人口普查，平潭县常住总人口371922人，其中：潭城镇65728人，苏澳镇31053人，流水镇47231人，澳前镇39975人，北厝镇31026人，平原镇22257人，敖东镇29857人，白青乡16628人，屿头乡15130人，大练乡6043人，芦洋乡5292人，中楼乡20587人，东庠乡9264人，岚城乡22512人，南海乡9339人。
2000年末，平潭县辖7镇8乡：潭城镇、苏澳镇、澳前镇、北厝镇、流水镇、平原镇、敖东镇、岚城乡、中楼乡、白青乡、南海乡、屿头乡、大练乡、东庠乡、芦洋乡，8个居委会、192个行政村。
2003年末，平潭县户籍人口38.61万人，其中非农业人口5.82万人。辖7个镇、8个乡：潭城镇、苏澳镇、澳前镇、北厝镇、流水镇、平原镇、敖东镇、岚城乡、中楼乡、白青乡、南海乡、屿头乡、大练乡、东庠乡、芦洋乡。
2010年第六次人口普查，平潭县常住总人口357760人，其中：潭城镇111447人，苏澳镇17834人，流水镇41001人，澳前镇42856人，北厝镇21915人，平原镇15041人，敖东镇20453人，白青乡12271人，屿头乡13852人，大练乡4505人，芦洋乡3786人，中楼乡16333人，东庠乡6391人，岚城乡23741人，南海乡6334人。