唐圣历二年（699年），析长乐东南太平、感德、崇福、山亭、孝义、万安、长乐、永乐8乡置万安县，隶于泉州（今福州）。天宝元年（742年）改名福唐县，隶于长乐郡（今福州）。元和三年（808年），长乐县并入福唐县。元和五年（810年），复析出置长乐县。后梁开平二年（908年）改名永昌县，隶福州。后唐同光元年（923年）复名福唐县。长兴四年（闽龙启元年，933年），以“山自永福里，水自清源里，会于治所”，改福唐为福清，隶长乐府（是年，福州升为长乐府）。
两宋，福清县仍隶福州。其间，在北宋太平兴国五年（980年），曾改隶兴化军。太平兴国八年（983年），复隶福州。南宋景炎元年（1276年），升福州为福安府，福清县隶福安府。元初，福清县属福州路。元贞元年（1295年），以户满四万，升为福清州，仍隶福州路。明洪武元年（1369年）复为县，隶福州府。南明隆武元年（1645年），隶天兴府。清代，福清县仍隶福州府。嘉庆三年（1798年），析福清县海坛岛地置平潭建军厅，直隶福州府。
民国元年，福清县属东路道（民国三年改称闽海道）。民国十四年，福清县直属省辖。民国廿三年7月，福清县隶福建省第一行政督察区。同年8月，南日岛归福清县管辖。民国廿四年4月，南日岛从福清县析出，设立南日岛特种区，归第一行政督察区管辖；同年9月10日，南日岛归福清县管辖，列为第四区署。民国廿五年12月，第四区署改为南日特种区，直属省辖（至此，南日岛脱离福清。民国廿九年5月，南日岛特种区裁撤，划归莆田县管辖）。民国三十六年4月，福清县直属省辖。
1949年8月16日解放。历属福建省第四行政督察区（1949年9月）、闽侯专区（1950年）、晋江专区（1956年）、闽侯专区（1959年）、莆田地区（1971年）、福州市（1983年7月）。1990年12月26日，国务院批准同意撤销福清县，设立福清市（县级）。1991年5月5日，福清市政府正式挂牌成立。
1994年福清市境域：位于北纬25°18′～25°51′、东经119°3′～119°40′，在福建省东部沿海。东濒福清湾，与平潭县海域连接，隔海坛海峡与平潭县海坛岛相望，西和西南与莆田县毗连，南临兴化湾，与莆田县海域相连，北与闽侯县接壤，东北邻长乐市，西北邻永泰县。市东西距离最宽为46.5千米，南北距离最长为53.5千米。全市陆地面积1518.24平方千米（包括白犬岛），海域面积911.52平方千米。辖1个街道、17个镇、2个乡：融城街道（9）、音西镇（24）、宏路镇（21）、阳下镇（24）、海口镇（28）、城头镇（26）、龙田镇（41）、江镜镇（26）、港头镇（31）、高山镇（25）、沙埔镇（22）、三山镇（35）、东瀚镇（17）、渔溪镇（21）、上迳镇（16）、新厝镇（12）、江阴镇（21）、东张镇（19）、镜洋镇（17）、南岭乡（8）、一都乡（6）。（括号里数字为各乡镇街道所辖行政村、居委会的数目）
1994?年，撤销一都乡，设立一都镇。1999年，省民政厅批复同意撤销南岭乡，设立南岭镇。至此，全市辖1个街道、20个镇：融城街道、宏路镇、东张镇、海口镇、龙田镇、高山镇、渔溪镇、音西镇、城头镇、江镜镇、三山镇、江阴镇、阳下镇、港头镇、沙埔镇、东翰镇、上迳镇、新厝镇、镜洋镇、一都镇、南岭镇。
2000年第五次人口普查，福清市常住总人口1174540人，其中：融城街道91174人、音西镇83629人、宏路镇67453人、阳下镇45824人、海口镇88732人、城头镇46517人、南岭镇5647人、龙田镇114493人、江镜镇79825人、港头镇66099人、高山镇60248人、沙埔镇43273人、三山镇95976人、东瀚镇36194人、渔溪镇48554人、上迳镇30747人、新厝镇28337人、江阴镇64816人、东张镇28630人、镜洋镇30772人、一都镇10214人、江镜华侨农场3896人、东阁华侨农场3490人。
2000年末，福清市面积1518.24平方千米，户籍人口119.58万人。辖1个街道、20个镇，27个居委会、441个行政村：融城街道办事处、宏路镇、东张镇、海口镇、龙田镇、高山镇、渔溪镇、音西镇、城头镇、江镜镇、三山镇、江阴镇、阳下镇、港头镇、沙埔镇、东翰镇、上迳镇、新厝镇、镜洋镇、一都镇、南岭镇。
2005年12月24日，《福建省人民政府关于同意福清市中心城区行政区划调整的批复》（闽政文[2005]586号）同意撤销音西、阳下、宏路、融城等3个镇、1个街道，析出海口镇的祥丰、塘头、北店、柏渡、隆中、坊里、南宅、先强等8个村委会，整合设立玉屏、龙山、龙江、音西、宏路、石竹、阳下7个街道办事处。调整后的福清市区总面积将扩大10倍，达244.5平方千米，总人口45.8万人。各街道办事处行政区划如下：（1）玉屏街道办事处：面积7.3平方千米，人口8.6万，辖原融城街道办事处的小桥、一拂、北大、锦云、小北、西大、金墩、柳池、向高、幸福、西云、融北、玉屏、西文等14个社区居委会和原音西镇的石井村委会。玉屏街道办事处驻江滨路9号。（2）龙山街道办事处：面积34平方千米，人口5.6万，辖原融城街道办事处的瑞云、东皋、融东、瑞亭等4个社区居委会和原音西镇的东刘、龙东、玉峰、玉塘、倪浦等5个村委会及原海口镇的祥丰、塘头、北店、柏渡、隆中、坊里、南宅、先强等8个村委会。龙山街道办事处驻海城路22号。（3）龙江街道办事处：面积31.1平方千米，人口5.2万，辖原融城街道办事处的龙江社区居委会和原音西镇的下梧、松潭、松峰、安民、苍霞、霞楼、东南、朝阳等8个村委会及原宏路镇的观音埔、小南洋2个村委会。龙江街道办事处驻龙江路118号。（4）宏路街道办事处：面积36.6平方千米，人口5.6万，辖原宏路镇的宏路社区居委会和圳边、周店、南峰、金印、大埔、新华、东坪、溪下、宏路、石门等10个村委会。宏路街道办事处驻清昌大道253号。（5）石竹街道办事处：面积15.4平方千米，人口5.3万，辖原宏路镇的福耀社区居委会和北前亭、棋山、真丰、跃进、龙塘、高山仑、洋梓、宏兴等8个村委会。石竹街道办事处驻清荣大道191号。（6）音西街道办事处：面积51.1平方千米，人口10.3万，辖原融城街道办事处的融西、凤山社区居委会和原音西镇的融音社区居委会及音西、云中洋、文楼、龙溪、马山、瑶峰、珠山、西楼、洋埔等9个村委会、原阳下镇的埔尾、芦院2个村委会。音西街道办事处驻清荣大道55号。（7）阳下街道办事处：面积69平方千米，人口5.1万，辖原阳下镇的洪宽社区居委会和奎岭、北林、阳下、油楼、玉岭、新局、溪头、屿边、下坝、东田、作坊、高厝、上亭、中亭、下亭、北亭、北山、上街、漈头、后坂、西洽、梨庄等22个村委会。阳下街道办事处驻圣帝桥6号。
2010年第六次人口普查，福清市常住总人口1234838人，其中：玉屏街道72237人，龙山街道60140人，龙江街道53033人，宏路街道49142人，石竹街道44494人，音西街道79973人，阳下街道59547人，海口镇60367人，城头镇42188人，南岭镇4484人，龙田镇111956人，江镜镇75919人，港头镇57888人，高山镇58452人，沙埔镇39558人，三山镇83732人，东瀚镇30583人，渔溪镇50667人，上迳镇28893人，新厝镇25178人，江阴镇71473人，东张镇24634人，镜洋镇33754人，一都镇8796人，江镜华侨农场4318人，东阁华侨农场3432人。
2012年末，福清市域面积2430平方千米，其中陆域面积1519平方千米。户籍人口129.4万人。辖40个社区、438个行政村。（《福州年鉴2013》数据）