1980年国务院批准在湖里划出2.5平方千米设立厦门经济特区。1987年，厦门市增设湖里区。
1996年，湖里区面积58.2平方千米，人口约7.3万人，辖1街道1镇：湖里街道、禾山镇。区政府驻湖里街道。
1999年，省民政厅批复同意设立殿前街道，辖从禾山镇划出的兴隆、长乐、兴禾、北站4个居委会和高殿、马垅2个村委会。调整后，湖里区辖2个街道、1个镇：湖里街道、殿前街道、禾山镇。
2000年第五次人口普查，湖里区常住总人口413316人，其中：湖里街道119374人，殿前街道104797人，禾山镇189145人。
2002年12月26日，民政部批复同意厦门市湖里区政府驻地由兴隆路23号迁至禾山镇。2002年末，全区户籍总人口12.72万人，4.44万户，其中城镇人口10.19万人；常住人口44万人，其中外来人口32万人。
2004年，6月18日福建省政府（闽政文[2004]229号）批复、7月8日厦门市政府（厦府[2004]137号）批复：湖里区撤销禾山镇，设立江头、禾山和金山3个街道。江头街道辖吕厝、园山、江头、江村、吕岭、后埔、金尚、蔡塘8个社区，街道办事处驻吕厝。禾山街道辖坂尚、枋湖、岭下、围里、钟宅5个社区，街道办事处驻坂尚。金山街道辖高林、金山、后坑、五通4个社区，街道办事处驻高林。7月新街道筹建，9月23日三个新街道正式挂牌运作。
2004年，全区户籍人口149912人，暂住人口约36万人。辖湖里、殿前、江头、禾山、金山街道，共37个社区。 湖里街道面积12.20平方千米，户籍人口59884人，辖湖里、村里、徐厝、濠头、东渡、塘边、后浦、金鼎、南山、康乐、康晖、怡景、和通、新港14个社区。 殿前街道面积15.42平方千米，户籍人口20021人，辖兴隆、长乐、北站、神山、高殿、马垄6个社区。 禾山街道面积11.8平方千米，户籍人口18260人，辖枋湖、坂尚、钟宅、岭下、围里5个社区。 江头街道面积10.4平方千米，户籍人口34325人，辖江头、吕厝、吕岭、园山、金尚、江村、蔡塘、后埔8个社区。 金山街道面积11.5平方千米，户籍人口17422人，辖高林、五通、后坑、金山4个社区。
2010年第六次人口普查，湖里区常住总人口931291人，其中：湖里街道174435人，殿前街道212541人，禾山街道218418人，江头街道210667人，金山街道115230人。