1987年8月，厦门市郊区划出禾山乡，更名为集美区。1996年，面积227平方千米，人口约9万人，辖3镇，区政府驻集美镇。
2000年第五次人口普查，集美区常住总人口148678人，其中：集美镇37156人，灌口镇43759人，后溪镇67763人。
2000年，撤销集美镇，设立集美街道；从后溪镇划出浒井、孙厝、叶厝、凤林美4个居委会和东安、兑山2个村，设立侨英街道。调整后，集美区辖2街道2镇：集美街道、侨英街道、灌口镇、后溪镇。
2003年4月26日，国务院批准同意将厦门市杏林区的杏林街道和杏林镇划归厦门市集美区管辖。调整后，集美区辖3个街道、3个镇：集美街道、侨英街道、杏林街道、灌口镇、后溪镇、杏林镇。 集美街道辖岑东、岑西、岑郭、盛光、银亭、印斗、浔江、塘盛、尚南9个居委会，面积3.6平方千米。 侨英街道辖东安、兑山2个行政村和浒井、孙厝、叶厝、凤林美4个居委会，面积18.4平方千米。 后溪镇辖新村、前进、溪西、后溪、仑上、崎沟、东宅、后安、岩内、英村等10个行政村，面积为44.1平方千米。
2004年9月23日，省政府（闽政文[2004]291号）批复同意撤销杏林镇，设立杏滨街道，并调整杏林杏滨街道办事处行政区划：（1）撤销杏林镇，设立杏滨街道。（2）设立杏滨街道后从杏林街道划出日升、三秀、杏堤3个社区归杏滨街道管辖，从杏滨街道划出西亭、内林、杏林、高浦4个行政村归杏林街道管辖。（3）行政区划调整后，杏林街道辖宁宝、纺织、曾营3个社区和西亭、内林、杏林、高浦4个行政村，街道办事处驻杏林南路33号。杏滨街道辖日升、三秀、杏堤3个社区和锦园、前场、西滨、马銮4个行政村，街道办事处驻杏林南路12号。
2004年末，集美区常住人口177491人，流动人口147766人。辖2镇4街，即灌口镇、后溪镇、集美街道、杏林街道、侨英街道、杏滨街道，共30个行政村、22个社区。 集美街道面积3.6平方千米，户籍人口3.6万人，流动人口0.7万人，辖岑东、岑西、浔江、盛光、银亭5个社区。 侨英街道面积18.4平方千米，户籍人口1.35万人，辖浒井、孙厝、凤林美、叶厝、兑山、东安6个社区。 杏林街道面积24.7平方千米，户籍人口4万人，流动人口1.8万人，辖纺织、曾营、宁宝3个社区和西亭、杏林、内林、高浦4个行政村。 杏滨街道面积21.6平方千米，户籍人口2.47万人，辖杏堤、日东、三秀3个社区和马銮、西滨、前场、锦园4个行政村。 灌口镇面积70.2平方千米，户籍人口3.7万人，流动人口2.9万人，辖灌口第二、灌口第一、上头亭、铁山、黄庄5个社区和坑内、深青、田头、上塘、双岭、李林、东辉、顶许、三社、井城、陈井、浦林12个行政村。 后溪镇面积44.1平方千米，户籍人口2.43万人，辖新村、前进、溪西、后溪、仑上、崎沟、东宅、后垵、岩内、英村、黄地、许庄12个行政村（另有资料说是10个行政村）。
2010年第六次人口普查，集美区常住总人口580857人，其中：集美街道61071人，侨英街道127376人，杏林街道88152人，杏滨街道126269人，灌口镇102629人，后溪镇68734人，第二农场2810人，省天马种猪场494人，天马华侨农场坂头防护林场3322人。