因县城两岸有大小阜相对如“明”字，故名明溪。三国属建安郡，晋、隋、唐为归化镇和黄连镇辖地。宋元符元年（1098）设明溪驿（后改巡检司）。明成化六年（1470）析清流、沙县、将乐、宁化县地置归化县，属汀州府。民国初属汀漳道。第二次国内革命战争时期为中央苏区县。1933年改名明溪县。
1949年10月24日“明溪县人民自动解放委员会”宣布起义，1950年2月2日解放军进城接管，属永安专区。1956年明溪、三元两县并为三明县，属南平专区。1960年三明县升三明市。1961年原明溪县地为三明县，1964年复名明溪县。历属三明市、三明专区（地区），三明市。
1970年，明溪县辖城关公社、雪峰公社、红卫公社、枫溪公社、盖洋公社、夏阳公社、沙溪公社、胡坊公社，87个大队。
1984年，明溪县辖雪峰镇、城关乡、瀚仙乡、沙溪乡、夏阳乡、胡坊乡、盖洋镇、枫溪乡、夏坊乡，共有5个居委会、86个村委会。
1992年末，全县总面积1704平方千米，共有22766户111873人，其中农业人口91709人。辖雪峰、盖洋2个镇和城关、瀚仙、胡坊、沙溪、夏阳、枫溪、夏坊7个乡及1个地方国营农场。
1994年，瀚仙乡、胡坊乡撤乡设镇。全县辖4个镇、5个乡：雪峰镇、盖洋镇、胡坊镇、翰仙镇、城关乡、沙溪乡、夏阳乡、枫溪乡、夏坊乡，县政府驻雪峰镇。
2000年第五次人口普查，明溪县常住总人口109102人，其中：雪峰镇23716人，盖洋镇18284人，胡坊镇10149人，翰仙镇11867人，城关乡10799人，抄溪乡7611人，夏阳乡14310人，枫溪乡5287人，夏坊乡7079人。
2003年末，全县户籍人口11.54万人，其中非农业人口2.98万人。辖4个镇、5个乡：雪峰镇、盖洋镇、胡坊镇、翰仙镇、城关乡、沙溪乡、夏阳乡、枫溪乡、夏坊乡。
2010年第六次人口普查，明溪县常住总人口102667人，其中：雪峰镇34677人，盖洋镇12726人，胡坊镇7680人，瀚仙镇10396人，城关乡10658人，沙溪乡6796人，夏阳乡10753人，枫溪乡3589人，夏坊乡5392人。