宋时南安分为八个乡，下辖三十一个里。八乡即唐安、从政、德教、怀德、金鸡、归墓、唐兴、太平。元朝改"乡里"为"都"，全县设46都；明洪武年间，城内设三坊，城外缩为44都（即六、七都合一，九、十二都合一）；明万历年间又恢复46都。清朝沿用明制。民国初期，沿用清朝的乡、里、都的区划。民国17年，实行区乡（镇）制，划为4区45乡（镇）。民国23年划为10区、336保、3379甲。民国25年划为4区53联保。民国31年实行区乡镇制（设四区）。民国35年，实行县辖乡镇制，设30个乡镇（其中9个镇）。
1949年9月，全县划分11区，辖30乡镇。1950年4月，撤销金门县工委，所属大嶝区划归南安县，增至12区。1951年10月，乡镇细划，增至191个乡镇。1952年8月，调整为19区、207乡镇。1955年10月，全县重划为16区、213乡、6镇。其后尚有多次变动，如撤区并乡；成立公社；恢复（后又撤销）区公所。1958年，丰州招贤点的糖房、潘山、西埔、烧厝、京墉，岐山点的新浦、延陵、坂头、岐山、东边、黄石头、金浦、大锦田、华岩，浮桥街头等地划归泉州市（今鲤城区及丰泽区）管辖。1960年，组建晋江县国营紫帽山农场，又将官桥镇的紫星和霞茂等大队划归农场。1971年1月，将大、小嶝及莲河划归同安县。
1981年划22个公社、1个镇。1985年辖11镇11乡。1988年辖15镇7乡，7个国营农、林、茶场。1992年辖20镇2乡。1996年，南安市辖溪美、仑苍、英都、诗山、码头、梅山、洪濑、丰州、官桥、水头、石井、美林、金陶、罗东、康美、东田、翔云、蓬华、九都、洪梅20镇及眉山、向阳2乡，市政府驻溪美镇。
1998年，省民政厅批复同意撤销溪美镇和美林镇，设立溪美街道、柳城街道和美林街道；增设省新镇，辖原美林镇的满山红、丹青、南金、新厅、垵后、园内、省身、省东、西埔、檀林、油园11个村委会。1999年，省民政厅批复同意从丰州镇划出霞美、山美、温山、四黄、邱钟、埔当、沃柄、张坑、长福、四甲、西山、金山、玉田、杏埔、仙河15个村委会设立霞美镇，镇政府驻霞美村；从罗东镇划出炉山、炉中、飞云、炉星、福山、湖内、潭边、厚阳8个村委会设立乐峰镇，镇政府驻炉山村。
1999年，全市辖3个街道、21个镇、2个乡：溪美街道、柳城街道、美林街道、仑苍镇、英都镇、金淘镇、诗山镇、码头镇、罗东镇、梅山镇、洪濑镇、康美镇、丰州镇、官桥镇、水头镇、石井镇、东田镇、翔云镇、蓬华镇、九都镇、洪梅镇、省新镇、霞美镇、乐峰镇、眉山乡、向阳乡，33个居委会、380个村委会。
2000年第五次人口普查，南安市常住总人口1385276人，其中：溪美街道83588人，柳城街道68083人，美林街道69249人，省新镇46860人，仑仓镇37624人，东田镇38772人，英都镇42355人，翔云镇20937人，金淘镇64796人，诗山镇72340人，蓬华镇16844人，码头镇55737人，九都镇12972人，乐峰镇29953人，罗东镇48652人，梅山镇59030人，洪濑镇83130人，洪梅镇36569人，康美镇49482人，丰州镇47203人，霞美镇62918人，官桥镇100185人，水头镇121620人，石井镇86902人，眉山乡16483人，向阳乡12992人。
2003年末，南安市全市总户数375768户，总人口1481135人，其中非农业人口387339人。各街镇乡人口：溪美街道80178人，柳城街道62963人，美林街道70922人，省新镇49919人，仑苍镇49187人，东田镇49192人，英都镇58766人，翔云镇26664人，金淘镇78885人，诗山镇87217人，蓬华镇23470人，码头镇70994人，九都镇16655人，乐峰镇45935人，罗东镇58858人，梅山镇67477人，洪濑镇85927人，洪梅镇50120人，康美镇55243人，丰州镇48079人，霞美镇67019人，官桥镇115275人，水头镇139704人，石井镇86426人，眉山乡24791人，向阳乡13815人。
2001年，向阳乡林坑村划归九都镇管辖。
2005年，南安市辖溪美、柳城、美林3个街道，仑苍、英都、金淘、诗山、码头、罗东、梅山、洪濑、康美、丰州、官桥、水头、石井、东田、翔云、蓬华、九都、洪梅、省新、霞美、乐峰21个镇，眉山、向阳2个乡，共有32个社区、384个行政村。
2010年第六次人口普查，南安市常住总人口1418451人，其中：溪美街道84231人，柳城街道68548人，美林街道75050人，省新镇48710人，仑苍镇77820人，东田镇33825人，英都镇35042人，翔云镇15181人，金淘镇58429人，诗山镇59825人，蓬华镇10929人，码头镇49759人，九都镇14625人，乐峰镇26717人，罗东镇43168人，梅山镇65073人，洪濑镇86351人，洪梅镇31122人，康美镇52130人，丰州镇44650人，霞美镇68494人，官桥镇108452人，水头镇147337人，石井镇92806人，眉山乡10680人，向阳乡7901人，雪峰管委会1596人。