三国吴永安三年（260年）析侯官县置东安县，县治在今丰州。晋太康三年（282年）析建安郡置晋安郡，改东安县为晋安县，隶属晋安郡。南朝梁天监年间（502—519年）析晋安郡南部置南安郡，以保持闽疆南部安定取称，治所在今丰州镇，领晋安等三县，辖今之厦门、莆田、泉州、漳州一带。隋开皇九年（589年）改郡为县，辖地为今泉州市（德化除外）、莆田市、厦门市的大部分及长泰县。
唐武德五年（622年）置丰州，州治在今丰州镇，并析南安县置莆田县；丰州下辖莆田、南安、龙溪三县。贞观元年（627年）丰州并入泉州（州治今福州）。嗣圣初年（684）分出南安、莆田、龙溪三县置武荣州，南安县城丰州为武荣州治（故南安又别称武荣）。久视元年（700年）又于南安县置武荣州，州治迁往县东南十五里处（今鲤城），下辖南安、莆田、龙溪、清流四县。景云二年（711年），泉州改为闽州（治设今福州），武荣州改称泉州（治设今福州）。开元六年（718年），析南安县东南地置晋江县。贞元十九年（803年），析南安西南四乡置大同场。长庆二年（822年），析南安西北二乡置桃林场。咸通五年（864年），析南安西二乡置小溪场。乾符三年（876年）析南安县武德乡置武德场（后改武胜场、武安场）。
五代后梁开平二年（908年），封王审知为琅琊王。翌年四月，梁封王审知为闽王，泉州为闽王国地。后唐长兴四年（933年）升桃林场为桃源县（938年改为永春县）。后晋天福四年（939年），升大同场为同安县。后晋开运二年（945年）九月，王继勋以泉州降南唐。后汉乾佑二年（949年），南唐升泉州为清源军。后周显德二年（955年），升小溪场为清溪县（1121年改为安溪县）；升武安场为长泰县，清源军辖有九县：南安、晋江、莆田、仙游、同安、德化、永春、清溪、长泰。宋乾德二年（964年），隶属由清源军改为平海军。太平兴国三年（978年），陈洪进占据闽南，乃复为泉州，属威武军。雍熙二年（985年），泉州改属福建路，南安隶焉。
元朝至元十五年（1278年），置泉州路总管府，下辖南安等七个县。大德元年（1297年）改福建行省为平海行中书省。至正十八年（1358年）设立泉州分省，明洪武二年（1369年），改泉州路为泉州府，南安仍隶泉州。清雍正十二年（1734年），永春县升为直隶州，辖有德化、大田二县。南安仍与晋江、惠安、同安、安溪等县合为泉州。民国元年（1912年），废府设道，南安属南路道（民国3年属厦门道）。民国14年，废道，南安直属福建省。民国23年，南安属第五行政督察区；民国36年属第四区。1931年，县治曾迁于洪濑两个月，后又迁返丰州。1937年7月（一说1937年初）县治迁县治迁往溪美【丰州古城，系明朝嘉靖三十八年（1559年）南安知县夏汝砺为防倭寇而筑。筑城之前，环城植柳为界，故别称“柳城”。县治迁溪美后，溪美别称沿用“柳城”】。
1949年8月14日南安解放，先后属泉州专区、晋江专区（地区）、泉州市。（1949年9月起属福建省第五行政督察专员公署。1950年4月至1967年中，公署先后改称泉州行政督察专员公署、晋江区专员公署、晋江专区专员公署，南安分别隶属之。1967年中至1985年底，南安分别隶属于晋江专区军事管制委员会、晋江专区革命委员会、晋江地区革命委员会、晋江地区行政公署。1986年1月以后，南安隶属泉州市人民政府）。1993年5月12日，国务院批准南安撤县设市（县级），以原南安县的行政区域为南安市的行政区域。同年10月16日，南安市政府正式挂牌成立。南安市由福建省直辖，委托泉州市代管。