因彭水得名，彭为鼓声，黔江峡水澎湃之声似彭，因名。商周属巴国地，战国为黔中地，秦置黔中郡，汉置涪陵县，三国置涪陵郡。隋置彭水县。唐属山南道，黔中道，宋属黔州，元属绍庆府，清属黔彭军民厅，民国属酉阳州。1950年属涪陵地区。1983年改为彭水苗族土家族自治县。1988年属黔江地区。1997年属重庆直辖市。
1996年，彭水苗族土家族自治县面积3905平方千米，人口约58.7万人，辖汉葭、郁山、高谷3个镇和城郊、岩东、下岩西、文武、青定水、火石、葡萄、龙射、平安、下塘、共和、鹿鸣、合理、大河坝、木楠、东流、乔梓、迁桥、羊头铺、长滩、凤鸣、普子、三义、桐荣、砂石、棣棠、太元、联合、连湖、石柳、朱砂、龙溪、走马、清平、芦塘、桑柘、鹿箐、同河、小厂、桐楼、诸佛、珍加、梅子桠、新田、新场、鹿角、大园、鞍子、新化、善感、双龙、石盘、万足、上岩西、大厂、猴栗、朗溪、龙塘坝、大垭、润溪、龙洋、三连62个乡。县政府驻汉葭镇。
？年，撤销三连乡并入郁山镇。1998年11月27日，朱砂乡人民政府驻地由陈家园迁移到陈家园村大田角，共和乡人民政府驻地由铁碛坝迁移到共和村凉风洞，新化乡人民政府驻地由何家坝迁移到井溪村白虎场（渝府[1998]202号）。
2000年第五次人口普查，彭水苗族土家族自治县常住总人口590228人，其中：汉葭镇43118人、郁山镇21448人、高谷镇10543人、城郊乡11417人、岩东乡9704人、下岩西乡10498人、文武乡4859人、靛水乡12411人、火石乡5206人、葡萄乡4566人、龙射乡14193人、平安乡10259人、下塘乡5215人、共和乡4242人、鹿鸣乡10169人、合理乡4846人、大河坝乡11419人、木南乡6182人、东流乡3366人、乔梓乡10083人、迁乔乡9523人、羊头铺乡8416人、长滩乡10733人、凤鸣乡10000人、普子乡10703人、三义乡6527人、桐荣乡5508人、砂石乡11628人、棣棠乡10915人、太原乡10691人、联合乡12605人、连湖乡17608人、石柳乡9517人、朱砂乡11952人、龙溪乡14858人、走马乡15669人、清平乡11837人、芦塘乡7296人、桑柘乡15064人、鹿箐乡3791人、同河乡8864人、小厂乡6878人、桐楼乡4847人、诸佛乡6724人、珍加乡6804人、梅子垭乡10973人、新田乡11240人、新场乡8016人、鹿角乡4931人、大园乡6891人、鞍子乡9811人、新化乡5038人、善感乡6585人、双龙乡5050人、石盘乡3211人、万足乡5720人、上岩西乡10739人、大厂乡2661人、猴栗乡3497人、朗溪乡7411人、龙塘坝乡7478人、大垭乡5516人、润溪乡6922人、龙洋乡5836人。
2001年，将64个乡镇调整为39个乡镇，其中撤销43个乡镇，保留21个乡，重新设置10个镇、8个乡。2002年7月5日，诸佛乡政府驻地由诸佛岗迁至双合场（渝府[2002]103号）。2002年末，全县户籍总人口62.71万人，其中非农业人口5.64万人。辖10个镇、29个乡：汉葭镇、保家镇、郁山镇、高谷镇、桑柘镇、鹿角镇、黄家镇、普子镇、龙射镇、连湖镇、靛水乡、岩东乡、鹿鸣乡、平安乡、棣棠乡、太原乡、三义乡、联合乡、石柳乡、龙溪乡、走马乡、芦塘乡、长滩乡、乔梓乡、迁乔乡、新田乡、梅子垭乡、诸佛乡、小厂乡、桐楼乡、万足乡、鞍子乡、善感乡、双龙乡、石盘乡、大垭乡、润溪乡、朗溪乡、龙塘乡。共有12个居委会、622个村委会。
2007年，撤销万足乡，设立万足镇。至此，全县辖11个镇、28个乡：汉葭镇、保家镇、郁山镇、高谷镇、桑柘镇、鹿角镇、黄家镇、普子镇、龙射镇、连湖镇、万足镇、靛水乡、岩东乡、鹿鸣乡、平安乡、棣棠乡、太原乡、三义乡、联合乡、石柳乡、龙溪乡、走马乡、芦塘乡、长滩乡、乔梓乡、迁乔乡、新田乡、梅子垭乡、诸佛乡、小厂乡、桐楼乡、鞍子乡、善感乡、双龙乡、石盘乡、大垭乡、润溪乡、朗溪乡、龙塘乡。
2010年第六次人口普查，彭水苗族土家族自治县常住总人口545094人，其中：汉葭镇108430人，保家镇39738人，郁山镇30981人，高谷镇15522人，桑柘镇26221人，鹿角镇9519人，黄家镇11900人，普子镇18133人，龙射镇17163人，连湖镇15797人，万足镇5200人，靛水乡18288人，岩东乡7334人，鹿鸣乡12800人，平安乡8986人，棣棠乡7902人，太原乡7745人，三义乡5153人，联合乡11254人，石柳乡7757人，龙溪乡12692人，走马乡12699人，芦塘乡6750人，长滩乡14396人，乔梓乡8773人，迁桥乡7739人，新田乡18249人，梅子垭乡9643人，诸佛乡10671人，小厂乡6902人，桐楼乡3576人，鞍子乡12114人，善感乡5410人，双龙乡3620人，石盘乡2537人，大垭乡3407人，润溪乡9441人，朗溪乡5372人，龙塘乡5280人。
2011年，撤销汉葭镇、长滩乡、靛水乡、新田乡、鞍子乡、平安乡、迁乔乡，调整黄家镇行政区域范围，设立汉葭街道、绍庆街道、靛水街道、新田镇、鞍子镇、平安镇、长生镇。调整后，彭水县辖3个街道、14个镇、22个乡。
2013年7月4日，重庆市政府（渝府[2013]55号）同意：撤销梅子垭乡，设立梅子垭镇；撤销太原乡，设立太原镇；撤销龙溪乡，设立龙溪镇；撤销小厂乡，设立大同镇。调整后，全县辖3个街道、18个镇、18个乡：汉葭街道、绍庆街道、靛水街道、保家镇、郁山镇、高谷镇、桑柘镇、鹿角镇、黄家镇、普子镇、龙射镇、连湖镇、万足镇、新田镇、鞍子镇、平安镇、长生镇、梅子垭镇、太原镇、龙溪镇、大同镇、岩东乡、鹿鸣乡、棣棠乡、三义乡、联合乡、石柳乡、走马乡、芦塘乡、乔梓乡、诸佛乡、桐楼乡、善感乡、双龙乡、石盘乡、大垭乡、润溪乡、朗溪乡、龙塘乡。