巫山在县东，也称巫峡，县因以为名。巫山以上古唐尧时代巫咸（尧帝的御医）而得名。战国为楚国巫郡。秦昭襄王三十年（前277）改置巫县。东汉建安十五年（210），析巫县置北井县。蜀汉章武二年（222），县境属吴国宜都郡。吴孙休永安三年（260）分宜都郡置建平郡，治巫县。西晋秦始四年（268）隶属巴东郡。
隋开皇三年（583）改巫山县，属建平郡。清康熙九年（1670年）大昌县并入巫山县。1949年10月2日巫山解放，12月17日成立县人民政府。1997年6月28日，巫山县划归重庆直辖市。
1951年3月，湖北省建始县铜鼓乡划归巫山县官渡区境域。1961年3月，将龙溪公社所属上安、下安、双河三个大队的山地1784.5亩，水田342.3亩析出，划归巫溪县境，形成至今的巫山县境。
1996年，巫山县面积2958.2平方千米，人口约57.3万人。辖巫峡、福田、龙溪、大昌、庙宇、双龙、官阳、骡坪、抱龙、官渡、铜鼓11个镇；五龙、白云、白果、红椿、大山、龙井、两坪、望霞、建平、南陵、曲尺、大溪、金坪、龙雾、钱家、何土尚、起阳、平河、庙堂、当阳、鸳鸯、三溪、田家、月池、楚阳、竹贤、石碑、青峰、洛阳、邓家、雪花、笃坪、培石、新花、双庙、新营、平南37个乡。县政府驻巫峡镇。
2000年第五次人口普查，巫山县常住总人口571959人，其中：巫峡镇68620人、庙宇镇41658人、大昌镇31992人、福田镇33143人、龙溪镇22758人、双龙镇10315人、官阳镇8863人、骡坪镇13433人、抱龙镇8857人、官渡镇23377人、铜鼓镇15152人、红椿乡6132人、五龙乡6748人、白云乡4826人、白果乡13149人、大山乡3783人、龙井乡10781人、望霞乡4077人、两坪乡15127人、曲尺乡17659人、南陵乡6743人、建平乡7201人、大溪乡12109人、钱家乡9880人、龙雾乡11632人、金坪乡4414人、何淌乡6798人、平河乡7402人、起阳乡7112人、庙堂乡2502人、当阳乡6756人、鸳鸯乡5015人、楚阳乡9050人、竹贤乡5060人、月池乡5999人、田家乡6624人、三溪乡9987人、洛阳乡4646人、培石乡7955人、石碑乡9805人、笃坪乡11288人、雪花乡3878人、邓家乡4161人、青峰乡3674人、双庙乡12735人、平南乡10808人、新花乡9248人、新营乡9027人。
2002年12月31日，重庆市政府（渝府[2002]230号）批复同意撤销邓家乡、红椿乡，设立邓家土家族乡和红椿土家族乡。2002年末，巫山县户籍总人口58.87万人，其中非农业人口5.34万人。辖11个镇、37个乡，22个居委会、567个村委会。
2003年12月12日，重庆市政府（渝府[2003]267号）批复同意巫山县将11个镇、37个乡调整为11个镇、30个乡，其中，撤销7个乡，扩大5个镇、2个乡的行政区域，保留6个镇、28个乡的行政区域和政府驻地不变。具体为：撤销洛阳乡，并入抱龙镇；撤销雪花乡，并入笃坪乡；撤销大山乡，并入庙宇镇；撤销鸳鸯乡，并入骡坪镇；撤销望霞乡，并入两坪乡；撤销五龙乡，并入福田镇；撤销何淌乡，并入官阳镇。
2005年3月25日，重庆市政府（渝府[2005]52号）批复同意巫山县将41个乡镇调整为26个乡镇。其中，撤销15个乡，调整8个镇、4个乡行政辖区范围，保留3个镇、11个乡行政辖区和政府驻地不变。具体为：撤销青峰乡、石碑乡，并入抱龙镇；撤销平南乡、新营乡，并入官渡镇；撤销新花乡，水库、杨坝2村并入官渡镇，瓜瓢、云台村并入建平乡；撤销双庙乡，双庙、柳池、观阁、鲍田村并入铜鼓镇，庙坪村并入官渡镇；撤销南陵乡，南陵居委会、平安村、东岗村、跳石村并入巫峡镇，春晓村并入建平乡；撤销田家乡、月池乡，并入三溪乡；撤销楚阳乡，并入骡坪镇；撤销龙雾乡、钱家乡，并入双龙镇；撤销白果乡、白云乡，并入大昌镇；撤销起阳乡，起阳、龙潭、大峡村并入平河乡，金龙村并入官阳镇；将巫峡镇的文峰、龙水、七星、黎早、桂花、新路、陈家村划归龙井乡。
2008年，全县辖11个镇、15个乡（其中2个民族乡）：巫峡镇、庙宇镇、大昌镇、福田镇、龙溪镇、双龙镇、官阳镇、骡坪镇、抱龙镇、官渡镇、铜鼓镇、红椿土家族乡、龙井乡、两坪乡、曲尺乡、建平乡、大溪乡、金坪乡、平河乡、庙堂乡、当阳乡、竹贤乡、三溪乡、培石乡、笃坪乡、邓家土家族乡。共有315个行政村、30个居委会。县政府驻巫峡镇。
2009年8月31日，重庆市政府（渝府[2009]135号）批复同意撤销庙堂乡（因整体搬迁基本完成而撤销乡建置），将庙堂乡所辖区域整体划归平河乡管辖。调整后，全县辖11个镇、14个乡（其中2个民族乡）。
2010年第六次人口普查，巫山县常住总人口495072人，其中：巫峡镇98743人，庙宇镇34913人，大昌镇36217人，福田镇32340人，龙溪镇16304人，双龙镇18646人，官阳镇14762人，骡坪镇24859人，抱龙镇19472人，官渡镇42766人，铜鼓镇18590人，红椿土家族乡4980人，龙井乡19130人，两坪乡16794人，曲尺乡12728人，建平乡10464人，大溪乡7321人，金坪乡2954人，平河乡9990人，当阳乡5160人，竹贤乡3928人，三溪乡18961人，培石乡6460人，笃坪乡14965人，邓家土家族乡3625人。
2011年8月5日，重庆市政府（渝府[2011]80号）批复同意：撤销龙井乡，调整巫峡镇行政区域范围，设立高唐、龙门2个街道。调整后，全县辖2个街道、11个镇、13个乡（其中2个民族乡）：高唐街道、龙门街道、巫峡镇、庙宇镇、大昌镇、福田镇、龙溪镇、双龙镇、官阳镇、骡坪镇、抱龙镇、官渡镇、铜鼓镇、红椿土家族乡、两坪乡、曲尺乡、建平乡、大溪乡、金坪乡、平河乡、当阳乡、竹贤乡、三溪乡、培石乡、笃坪乡、邓家土家族乡。