据史料记载：早在七千多年前，长寿境内就有土著民族居住。至周代（公元前十一世纪），“巴人”在四川东建立巴国，定都今重庆。长寿时称巴国枳邑。秦惠王更元九年（公元前316年）灭巴，建巴都郡（今重庆），在枳地（今涪陵城东枳里乡）置枳县，今长寿地属枳县。蜀汉（公元220—263年）巴郡益州治江州县，今长寿城附近设常安县（属枳县）。北周武民三年（561）废枳县，其地并巴县。
唐武德二年置乐温县，因“其地常温，禾稼早熟，民乐之”故名，隶属涪州。明洪武六年九月，以“县北有长寿山，居其下者，人多寿考”将乐温县改名长寿县。2001年12月25日，国务院批准：撤销长寿县，设立重庆市长寿区。
1984年3月，改公社为乡，生产大队改为村，生产队改为村民小组；8月27日，太平乡更名三平乡，回龙乡更名罗山乡，沙溪乡更名新沙乡，三合乡更名芦池乡。1985年3月，新建狮子滩镇；7月5日，撤销葛兰乡建葛兰镇。1986年，全县辖9区、4镇、40乡，574村、26居民区，4705村民小组。
1994年3月，撤区并乡后，长寿县辖凤城、朱家、狮子滩、葛兰、晏家、江南、邻封、但渡、云集、双龙、龙河、石堰、云台、海棠、沙石、新市、付何、渡舟、八颗、洪湖、万顺、称沱22个镇、扇沱、石回、焦家、华中、飞龙、合兴、罗围、乐温、义和、黄葛、天台、大坝、三平、芦池14个乡。面积1415.45平方千米。人口约87万人。县政府驻凤城镇。
2000年第五次人口普查，长寿县常住总人口874307人，其中，凤城镇146767人、朱家镇46629人、晏家镇28628人、渡舟镇29548人、狮子滩镇17785人、葛兰镇38094人、江南镇13453人、邻封镇18621人、但渡镇20876人、云集镇19905人、双龙镇28589人、龙河镇20068人、石堰镇37096人、云台镇28826人、海棠镇30252人、沙石镇19830人、新市镇28375人、付何镇24184人、八颗镇21713人、洪湖镇16177人、万顺镇28473人、称沱镇15009人、扇沱乡7657人、石回乡13556人、焦家乡18200人、华中乡19985人、飞龙乡10051人、台兴乡18832人、罗围乡16957人、乐温乡8541人、义和乡7259人、黄葛乡20068人、大坝乡4482人、天台乡25897人、三平乡14926人、芦池乡8998人。
2001年11月21日，重庆市政府（渝府[2001]288号）批复同意但渡镇政府驻地由但渡村三堡石迁至下洞村宋家庙。2002年末，长寿区户籍总人口87.45万人，其中非农业人口16.48万人，辖22个镇、14个乡，38个居委会、569个村委会。
2003年11月至2004年4月，长寿区将原有的22个镇、14个乡调整为2个街道、16个镇，其中撤销6个镇14个乡，更名1个镇，设立2个街道，扩大13个镇的行政区域。调整后，街道和镇平均面积由原来的39.6平方千米增加到79.1平方千米，平均人口由原来的24290人增加到48581人。调整后，全区辖2个街道、16个镇：凤城街道、晏家街道、江南镇、邻封镇、但渡镇、云集镇、长寿湖镇、双龙镇、龙河镇、石堰镇、云台镇、海棠镇、葛兰镇、新市镇、渡舟镇、八颗镇、洪湖镇、万顺镇。区政府驻凤城街道。同时将26个居民区合并为19个社区，574个行政村合并为228个行政村。共有152个居民小组、2512个村民小组。2007年，全区共有226个行政村、22个社区。
2009年8月31日，重庆市政府（渝府[2009]138号）批复同意长寿区撤销江南镇、渡舟镇，设立江南街道、渡舟街道。调整后，全区辖4个街道、14个镇：凤城街道、晏家街道、江南街道、渡舟街道、长寿湖镇、云台镇、葛兰镇、但渡镇、邻封镇、云集镇、双龙镇、龙河镇、海棠镇、石堰镇、新市镇、八颗镇、洪湖镇、万顺镇。2010年，全区共有223个行政村、26个社区。
2010年第六次人口普查，长寿区常住总人口770009人，其中，凤城街道175576人，晏家街道72825人，江南街道21509人，渡舟街道51888人，邻封镇23868人，但渡镇14497人，云集镇27564人，长寿湖镇37839人，双龙镇29213人，龙河镇35561人，石堰镇48193人，云台镇40328人，海棠镇24252人，葛兰镇55938人，新市镇21578人，八颗镇36698人，洪湖镇30426人，万顺镇22256人。
2015年6月15日，重庆市政府（渝府[2015]29号）批复同意撤销新市镇、八颗镇，设立新市街道、八颗街道。2015年12月18日，重庆市政府（渝府〔2015〕62号）批复同意长寿区调整原凤城街道、渡舟街道管辖范围，增设菩提街道。调整后，长寿区辖7个街道，12个镇。凤城街道辖骑鞍、向阳路、凤岭路、望江路、三峡路、轻化路、滨江路、东街、梅村、顺风亭、黄桷湾、凤西、凤家13个社区和复元、永丰、长风、走马、三洞、陵园、过滩、古佛、白庙9个村，街道办事处驻黄桷堡3号。渡舟街道辖长生桥、渡中路、民兴3个社区和渡舟、黄连、三好、新道路、堰桥、果园、太平、白果、天桥、甘蔗、高峰、保丰、河塘13个村，街道办事处驻渡舟正街100号。菩提街道（12月28日正式设立）辖桃花、古镇、朝阳、胜天、菩提5个社区和松柏、东新、红花、阳鹤、田坝、菩提6个村，街道办事处驻桃源西四路1号。