1929年重庆建市，拓展市区范围，在玄坛庙设南岸市政管理处，管理由巴县划入的南城坪、海棠溪、龙门浩、弹子石四坊。1935年2月，正式设立重庆第四区，下半年改为第六区。1929年6月，改第六区为重庆市第十一区、二十区。1941年从巴县划入崇文、大兴两乡，设重庆市第十一区。
1944年7月，第十一区分建为重庆市第十一区、十八区。其时，重庆市长江南岸并设4个区。1950年6月，南岸4个区合并建立重庆市第五区、第六区。次年，郭家沱由江北县划入第六区，增建为乡。1952年10月，两区合并为重庆市第五区，并由巴县划入文峰乡。1955年10月，第五区更名为重庆市南岸区。
1995年3月，重庆市进行行政区划调整，郭家沱街道和峡口镇的郭家沱村划归江北区，巴县的长生桥、迎龙、广阳三镇及九龙坡区花溪镇的二塘村划入南岸区。调整后，南岸区辖南坪、龙门浩、海棠溪、玄坛庙、弹子石、大佛段、铜元局、花园路8个街道办事处和南坪、南山、峡口、涂山、鸡冠石、黄桷垭6个镇，以及从巴县划入的长生桥、迎龙、广阳3个镇。区政府驻南坪万寿桥。
1996年，全区面积247.1平方千米，人口约41.7万人。辖8个街道、9个镇：南坪街道、龙门浩街道、大佛段街道、弹子石街道、玄坛庙街道、海棠溪街道、铜元局街道、花园路街道、黄桷垭镇、南坪镇、涂山镇、鸡冠石镇、峡口镇、长生桥镇、迎龙镇、广阳镇、南山镇。区政府驻南坪南城大道。
1999年末，撤销玄坛庙街道，并入涂山镇（2000年实施）。调整后，全区辖南坪、龙门浩、海棠溪、弹子石、大佛段、铜元局、花园路7个街道和南坪、南山、峡口、涂山、鸡冠石、黄桷桠、长生桥、迎龙、广阳9个镇。
2000年第五次人口普查，全区总人口592566人，其中：铜元局街道30907人、花园路街道68130人、南坪街道100692人、海棠溪街道67068人、龙门浩街道34112人、弹子石街道27675人、大佛段街道27574人、黄桷垭镇40184人、南坪镇36015人、涂山镇40517人、鸡冠石镇1381E人、南山镇5957人、峡口镇17706人、长生桥镇39882人、迎龙镇20178人、广阳镇22153人。
2001年8月，撤销大佛段街道，并入弹子石街道。调整后，南岸区辖南坪、龙门浩、海棠溪、弹子石、铜元局、花园路6个街道和南坪、南山、峡口、涂山、鸡冠石、黄桷桠、长生桥、迎龙、广阳9个镇。
2002年末，南岸区户籍总人口48.97万人，其中非农业人口35.99万人。辖6个街道（铜元局、南坪、花园路、海棠溪、龙门浩、弹子石）、9个镇（南坪、黄桷垭、南山、涂山、鸡冠石、峡口、长生桥、迎龙、广阳），69个居委会、69个村委会。
2006年7月27日，重庆市政府（渝府[2006]152号）批复同意撤销南山镇、黄桷垭镇，设立南山街道。
2010年第六次人口普查，南岸区常住总人口759570人，其中：铜元局街道49972人，花园路街道98320人，南坪街道113193人，海棠溪街道110310人，龙门浩街道27615人，弹子石街道36299人，南山街道56888人，南坪镇97081人，涂山镇53146人，鸡冠石镇16053人，峡口镇11787人，长生桥镇57960人，迎龙镇16319人，广阳镇14627人。
2013年3月15日，重庆市政府（渝府[2013]24号）批复：经国务院批准（民政部批复），同意南岸区人民政府驻地由南坪街道南城大道199号迁至长生桥镇广福大道1号【注：现为天文街道广福大道1号】。2013年4月15日，重庆市政府（渝府[2013]31号）批复同意调整长生桥镇行政区域，新设立天文街道。