西周燕国曾设都于境内，秦为上谷郡，汉为良乡县，金在良乡西设万宁县，与良乡县分治，元改房山县。1958年撤销房、良两县并连同京西矿区并入周口店区，1960年改房山县，1980年析设燕山区，与房山县分治。1986年，撤销房山县、燕山区，设立房山区（1987年1月实施），以燕山区和房山县的行政区域为房山区的行政区域。1997年11月17日，民政部（民行批[1997]25号）批复：经国务院批准，同意将房山区人民政府驻地由现址迁至良乡（1998年11月18日实施）。
1996年，房山区面积2019平方千米，人口约76.6万人。辖6个街道、3个地区、11个镇、13个乡：良乡地区、周口店地区、琉璃河地区、迎风街道、向阳街道、栗园街道、东风街道、新镇街道、房山街道、窦店镇、石楼镇、交道镇、长沟镇、张坊镇、长阳镇、阎村镇、南尚乐镇、坨里镇、河北镇、十渡镇、东营乡、东南召乡、崇各庄乡、官道乡、葫芦垡乡、岳各庄乡、窑上乡、蒲洼乡、南窖乡、佛子庄乡、霞云岭乡、大安山乡、史家营乡。
1996年，设立星城街道，由燕山办事处统一管理，驻地设在新生活区乙区40号楼。1998年4月13日，经市政府研究，决定将房山街道更名为城关街道。1999年，撤销东营乡，设立韩村河镇；在良乡地区办事处设立良乡镇，实行“两块牌子，一套人马”。2000年，撤销崇各庄乡，设立青龙湖镇；撤销官道乡、东南召乡、岳各庄乡，设立官道镇、东南召镇、岳各庄镇；在周口店、琉璃河地区办事处设立建制镇，实行“一套人马，两块牌子”。
2000年第五次人口普查，房山区总人口814367人，其中：城关街道80746人、新镇街道9794人、粟园街道3578人、向阳街道12397人、东风街道25786人、迎风街道33406人、星城街道21960人、良乡镇93486人、周口店镇39877人、琉璃河镇37936人、闫村镇30679人、交道镇20280人、窦店镇25046人、石楼镇29468人、长阳镇28081人、坨里镇22276人、河北镇25267人、长沟镇25452人、南尚乐镇37919人、张坊镇21043人、十渡镇12072人、韩村河镇16122人、青龙湖镇21771人、官道镇17459人、东南召镇15844人、岳各庄镇22901人、葫芦垡乡9457人、窑上乡9056人、霞云岭乡10316人、南窖乡5922人、佛子庄乡13895人、大安山乡12843人、史家营乡17978人、蒲洼乡4254人。
2001年11月13日，京民划函[2001]475号批准同意撤销葫芦垡乡，并入长阳镇；撤销官道镇，并入良乡镇；撤销交道镇，并入窦店镇；撤销东南召镇、窑上乡，并入琉璃河镇；撤销坨里镇，并入青龙湖镇；撤销岳各庄镇，并入韩村河镇；南尚乐镇政府驻地由南尚乐村迁至石窝村，同时更名为大石窝镇。2001年末，房山区面积1993.66平方千米，人口75.1万人。
2002年9月11日，京民划发[2002]324号同意将栗园街道并入向阳街道。2002年末，辖6个街道、3个地区、11个镇、6个乡：城关街道、新镇街道、向阳街道、东风街道、迎风街道、星城街道；良乡地区、周口店地区、琉璃河地区；闫村镇、窦店镇、石楼镇、长阳镇、河北镇、长沟镇、大石窝镇、张坊镇、十渡镇、青龙湖镇、韩村河镇；霞云岭乡、南窖乡、佛子庄乡、大安山乡、史家营乡、蒲洼乡。共有115个社区和462个行政村。区政府驻良乡通政路1号。
2005年，北京市政府第98次市长办公会决定，将在房山区良乡地区新设两个街道办事处——拱辰街道办事处和西潞街道办事处，良乡地区办事处（镇）剩余地区维持原建制不变。根据北京市民政局提出的规划意见，房山区政府提出分步调整全区街乡镇行政区划的计划，其中第一步是2005年至2006年在良乡地区设立2个街道办事处，具体方案是：在良乡地区北部设立拱辰街道办事处，办公地点设在良乡中路39号。该办事处辖区面积24.7平方千米，规划居住人口12.6万。在良乡地区西北部西潞街道办事处，办公地点设在良乡西路9号。该办事处辖区面积10.4平方千米，规划居住人口10.8万。为加强农村地区管理和有利于农民集体资产的妥善处置，良乡地区办事处（镇）剩余地区维持原建制不变，办公地点由良乡中路39号迁至原官道办公地址。调整后的良乡地区办事处（镇）辖区面积33.9平方千米，实际居住人口1.6万人。2005年末全区户籍人口75.4万人。
2006年9月13日，北京市房山区人民政府《关于在良乡地区设立拱辰西潞两个街道办事处的通知》（房政发[2006]33号）：经2005年11月15日市政府第98次市长办公会议批准，市民政局行文批复（京民划函[2005]340号），同意在我区良乡地区设立拱辰街道办事处和西潞街道办事处两个街道办事处，良乡地区办事处（镇）剩余地区维持原建制不变。现将有关事项通知如下： 一、设置拱辰街道办事处 拱辰街道办事处在良乡地区北部，办公地点设在良乡中路39号。实际行政管辖范围为：南至长虹路与良乡地区办事处（镇）为界；东至长于路与长阳镇为界；北至良乡机场北侧与青龙湖镇为界；西至良乡西潞大街与西潞街道办事处为界。 二、设置西潞街道办事处 西潞街道办事处在良乡地区西北部，办公地点设在月华南大街18号（原北京君利四方商贸综合楼）。行政管辖范围为：南至长虹路与良乡地区办事处（镇）接壤；东至西潞大街与拱辰街道办事处接壤；北至安庄村村西与青龙湖镇接壤；西至东阎村村西与阎村镇接壤。 三、保留良乡地区办事处（镇） 良乡地区办事处（镇）在良乡地区南部，办公地点由良乡中路39号迁至原官道镇政府办公地址。行政管辖为：南至张谢村村南与窦店镇接壤；东至梨村村东与长阳镇接壤；北至长虹路与拱辰街道办事处接壤；西至刘丈村村西与阎村镇接壤。
2008年2月22日，《北京市民政局关于调整房山区部分地区行政区划的批复》（京民划函[2008]83号）：一、将拱辰街道办事处所辖的水碾屯一村、水碾屯二村所在区域划归长阳镇管辖。调整后的拱辰街道办事处四至范围为：东至长于路与长阳镇接壤；南至长虹路与良乡地区办事处接壤；西至西潞大街与西潞街道办事处接壤；北至良乡机场北侧与青龙湖镇接壤。调整后的长阳镇四至范围为：东至永定河，与丰台区、大兴区接壤；南至西场村南，与琉璃河地区办事处接壤；西至长于路，与拱辰街道办事处接壤；北至永定河，与丰台区接壤。二、将“闫村镇”更名为“阎村镇”。