凤阳县境古为淮夷之地，春秋时为钟离子国，秦置钟离县。后有蚕富、燕（yān）、中立等县名。明洪武三年（1370年）改中立县为临淮县，洪武七年析临淮县四个乡置凤阳县，为凤阳府治。据《明一统志》：“以在风凰山之阳，故名”。清乾隆十九年（1754年）省临淮县并入凤阳县。1949年属滁县专区，1956年属蚌埠专区，1961年复属滁县专区，1992年为滁州市辖县。
1985年，全县共辖7个区、3个镇，44个乡（镇），357个村民委员会，3439个村民小组，13个街道委员会；总人口56.65万，境内有汉、回、满、苗等22个民族。县政府驻地府城镇。1986年4月，将武店镇分设武店镇和武店乡，武店镇只管街道，属县领导，武店乡管农村，属武店区领导；同时设置门台乡，属门台镇领导。
1992年2月6日至3月中旬，凤阳县进行撤区并乡工作。整个工作分准备、实施、完善3个阶段进行，3月中旬结束。5月9日，县政府经请示滁县行署同意，将总铺镇的大通桥、大王府、潘家湾3个行政村划归府城镇管辖。1992年9月4日，县政府研究决定，对撤区并乡后规模过大的部分乡镇进行调整。调整新建的乡镇是：楼店乡、亮岗乡、二铺乡、宋集乡、李二庄乡、燃灯乡。
1997年末，凤阳县面积1920平方千米，人口67.7万人，辖15个镇、11个乡：府城镇、临淮镇、武店镇、总铺镇、板桥镇、大庙镇、西泉镇、殷涧镇、红心镇、刘府镇、大溪河镇、门台子镇、小溪河镇、黄泥铺镇、石门山镇、梅市乡、官塘乡、曹店乡、城西乡、黄湾乡、官沟乡、燃灯乡、亮岗乡、周圩乡、二铺乡、枣巷渔业乡。县政府驻府城镇。
2000年第五次人口普查，凤阳县常住总人口683049人，其中，府城镇64679人、临淮镇40394人、门台子镇27771人、武店镇26508人、西泉镇35343人、刘府镇33688人、大庙镇23224人、殷涧镇11074人、黄泥铺镇14889人、总铺镇15495人、红心镇22567人、板桥镇11563人、大溪河镇14601人、石门山镇10797人、小溪河镇26155人、曹店乡11412人、亮岗乡13026人、周圩乡11773人、城西乡21858人、官塘乡30956人、官沟乡18358人、二铺乡14784人、黄湾乡20459人、枣巷渔业乡19769人、燃灯乡11704人、梅市乡12035人、宋集未批乡7023人、楼店未批乡26587人、李二庄未批乡30333人、城南未批乡11325人、风阳山未批乡8869人、花园湖未批乡4683人、清塘未批乡8376人、京山未批乡9030人、江山未批乡11941人。
2006年末，凤阳县辖15个镇、11个乡：府城镇、临淮镇、门台镇、武店镇、西泉镇、刘府镇、大庙镇、殷涧镇、黄泥铺镇、总铺镇、红心镇、板桥镇、大溪河镇、石门山镇、小溪河镇、曹店乡、亮岗乡、周圩乡、城西乡、官塘乡、官沟乡、二铺乡、黄湾乡、枣巷渔业乡、燃灯乡、梅市乡。26个乡镇平均人口在2.8万人左右，其中有8个乡镇在2万人以下，最小的石门山镇只有1.1万人。
2007年5月10日，省民政厅批复同意凤阳县将26个乡镇撤并为14镇1乡：城西乡、门台子镇、府城镇整建制和临淮镇的山后街村委会、夫子郢村委会合并，设立新的府城镇；曹店乡、官沟乡、刘府镇整建制合并，设立新的刘府镇；周圩乡、亮岗乡、大庙镇整建制合并，设立新的大庙镇；二铺乡、板桥镇整建制合并，设立新的板桥镇；黄泥铺镇和总铺镇整建制合并，设立新的总铺镇；石门山镇、小溪河镇、燃灯乡整建制合并，设立新的小溪河镇；梅市乡、红心镇整建制合并，设立新的红心镇；撤销官塘乡设立官塘镇；撤销枣巷乡设立枣巷镇；临淮镇更名为临淮关镇；保留武店镇、西泉镇、殷涧镇、大溪河镇、黄湾乡。此次乡镇行政区划调整从2007年4月开始至2007年6月中旬完成。调整后的15个乡镇平均人口由原来的2.8万人增加到4.87万人，其中府城镇因合并原来的府城镇、门台镇和城西乡，人口由原来的6.9万人增加到13.3万人，达5万人以上的有7个镇。
2010年第六次人口普查，凤阳县常住总人口644895人，其中，府城镇135112人，临淮镇38164人，武店镇53679人，西泉镇35246人，官塘镇27242人，刘府镇64905人，大庙镇42761人，殷涧镇19129人，总铺镇37642人，红心镇24008人，板桥镇50171人，大溪河镇23130人，小溪河镇38032人，枣巷镇18380人，黄湾乡15423人，凤阳县工业园区21871人。