1949年2月以原合肥县东部地区置肥东县。因在合肥之东，故名。曾属滁县、蚌埠、巢湖等专区（地区），1983年7月属合肥市。
1996年，肥东县面积2222平方千米，人口约106.2万人。辖11镇24乡（其中1个少数民族乡）：店埠镇、撮镇镇、古城镇、梁园镇、石塘镇、八斗镇、白龙镇、元疃镇、桥头集镇、西山驿镇、长临河镇、王铁乡、众兴乡、解集乡、高亮乡、路口乡、草庙乡、张集乡、护城乡、费集乡、青龙乡、杨店乡、响导乡、陈集乡、马湖乡、广兴乡、三十埠乡、湖滨乡、杨塘乡、王城乡、龙塘乡、复兴乡、长乐乡、富旺乡、牌坊回族满族乡。县府驻店埠镇。
1997年，将肥东县青龙乡官塘村的长郢、團郢、小柿園和方塘村的蘇庄4个自然村划归长丰县造甲乡管辖。
1998年，肥东县面积2222平方千米，人口密度489人/平方千米。辖12个镇、24个乡：店埠镇、撮镇镇、梁园镇、桥头集镇、长临河镇、西山驿镇、石塘镇、古城镇、八斗镇、元疃镇、白龙镇、龙岗镇、复兴乡、湖滨乡、长乐乡、龙塘乡、磨店乡、众兴乡、王铁乡、解集乡、高亮乡、护城乡、路口乡、张集乡、草庙乡、杨塘乡、马湖乡、陈集乡、广兴乡、响导乡、杨店乡、富旺乡、王城乡、青龙乡、费集乡、民族乡，共有26个居委会、717个村委会。
2000年第五次人口普查，肥东县常住总人口1006886人，其中（13个镇、24个乡）：店埠镇105569人，撮镇镇38120人，梁园镇35562人，桥头集镇32010人，长临河镇26382人，西山驿镇34217人，石塘镇34907人，古城镇13879人，八斗镇30232人，元疃镇27457人，白龙镇35308人，龙岗镇23550人，六家畈镇16981人，复兴乡23020人，长乐乡22406人，龙塘乡18735人，磨店乡23265人，众兴乡29565人，王铁乡25352人，解集乡30529人，高亮乡22478人，护城乡17838人，路口乡18511人，张集乡27961人，草庙乡21651人，杨塘乡27176人，马湖乡24904人，陈集乡25591人，广兴乡9876人，响导乡32819人，杨店乡30977人，富旺乡18679人，王城乡17501人，青龙乡20992人，费集乡12744人，牌坊回族满族乡14581人，龙山乡14271人，龙岗开发区21290人。
2002年，肥东县辖13个镇、23个乡、1个民族乡：店埠镇、撮镇镇、梁园镇、桥头集镇、长临河镇、西山驿镇、石塘镇、古城镇、八斗镇、元疃镇、白龙镇、龙岗镇、六家畈镇；复兴乡、长乐乡、龙塘乡、磨店乡、众兴乡、王铁乡、解集乡、高亮乡、护城乡、路口乡、张集乡、草庙乡、杨塘乡、马湖乡、陈集乡、广兴乡、响导乡、杨店乡、富旺乡、王城乡、青龙乡、费集乡、龙山乡、牌坊回族满族乡。同年，将肥东县的磨店乡划归合肥市瑶海区管辖；将肥东县龙岗镇所辖的三合、刘大郢、油坊、大彭、罗岗、马岗、王岗、史城8个村和新站、大店2个居委会划归瑶海区大兴镇管辖。【注：实施交接的过程中，鉴于位于移交区域的龙岗开发区对肥东县经济的重要影响，根据肥东县委、县政府的请求，经市委、市政府协调，将罗岗、马岗、王岗、史城4个村及新站居委会暂缓移交瑶海区管辖，4村1居仍由肥东县管辖；2009年11月，龙岗开发区正式划归瑶海区管辖】
2003年，肥东县辖13个镇、22个乡、1个民族乡：店埠镇、撮镇镇、梁园镇、桥头集镇、长临河镇、西山驿镇、石塘镇、古城镇、八斗镇、元疃镇、白龙镇、龙岗镇、六家畈镇；复兴乡、长乐乡、龙塘乡、众兴乡、王铁乡、解集乡、高亮乡、护城乡、路口乡、张集乡、草庙乡、杨塘乡、马湖乡、陈集乡、广兴乡、响导乡、杨店乡、富旺乡、王城乡、青龙乡、费集乡、龙山乡、牌坊回族满族乡。
2004年底，肥东县面积2211平方千米，人口106.7万人，辖14个镇、22个乡、2个开发区：店埠镇、龙岗镇、撮镇镇、龙塘镇、桥头集镇、古城镇、元疃镇、护城乡、响导乡、六家畈镇、西山驿镇、长临河镇、八斗镇、梁园镇、白龙镇、石塘镇、龙山乡、青龙乡、王城乡、富旺乡、马湖乡、众兴乡、陈集乡、杨店乡、草庙乡、杨塘乡、高亮乡、张集乡、广兴乡、解集乡、费集乡、路口乡、牌坊回族满族乡、王铁乡、复兴乡、长乐乡。店埠镇常住人口12万人左右，加上流动人口等达15万多人。
2005年底，肥东县面积2211平方千米，人口106.4万人，辖14个镇、21个乡、1个民族乡、2个开发区：店埠镇、撮镇镇、梁园镇、桥头集镇、长临河镇、西山驿镇、石塘镇、古城镇、八斗镇、元疃镇、白龙镇、龙岗镇、六家畈镇、龙塘镇、复兴乡、长乐乡、众兴乡、王铁乡、解集乡、高亮乡、护城乡、路口乡、张集乡、草庙乡、杨塘乡、马湖乡、陈集乡、广兴乡、响导乡、杨店乡、富旺乡、王城乡、青龙乡、费集乡、牌坊回族满族乡、龙山乡。
2006年9月28日，安徽省民政厅《关于同意肥东县乡镇行政区划调整的批复》同意肥东县将36个乡镇调整为18个乡镇。具体为：（1）撤销西山驿、龙岗、六家畈、龙塘、王铁、高亮、长乐、解集、杨塘、复兴、草庙、青龙、路口、富旺、王城、护城、龙山、费集、广兴等19个乡（镇）。（2）调整店埠、撮镇、梁园、八斗、白龙、古城、石塘、桥头集、长临河、牌坊回族满族乡等10个乡（镇）的行政区域。将西山驿镇、龙岗镇整建制并入店埠镇；将龙塘镇、长乐乡整建制并入撮镇镇；将护城乡、路口乡整建制并入梁园镇；将王城乡、富旺乡整建制并入八斗镇；将青龙乡、费集乡整建制并入白龙镇；将广兴乡、杨塘乡、龙山乡整建制并入古城镇；将王铁乡整建制并入石塘镇；将复兴乡整建制并入桥头集镇；将长临河镇、六家畈镇合并，设立新的长临河镇；将草庙乡整建制并入牌坊回族满族乡。（3）元疃、响导、杨店、众兴、张集、马湖、陈集等7个乡（镇）原建制不变。（4）新设立包公镇。将原解集乡、高亮乡整建制合并，设立包公镇。2006年底，全县面积2211平方千米，人口108.7万人，辖18个乡镇、2个开发区。
2008年末，全县户籍人口110.9万人。其中非农业人口14.3万人。辖11个镇、6个乡、1个民族乡：店埠镇、撮镇镇、梁园镇、桥头集镇、长临河镇、石塘镇、古城镇、八斗镇、元疃镇、白龙镇、包公镇、众兴乡、张集乡、马湖乡、陈集乡、响导乡、杨店乡、牌坊回族满族乡。
2010年第六次人口普查，肥东县常住总人口861960人，其中：店埠镇225808人，撮镇镇87613人，梁园镇56131人，桥头集镇34447人，长临河镇28706人，石塘镇41356人，古城镇44639人，八斗镇48049人，元疃镇18563人，白龙镇49374人，包公镇38889人，众兴乡16671人，张集乡21593人，马湖乡17142人，陈集乡18399人，响导乡23375人，杨店乡21685人，牌坊回族满族乡29748人，肥东新城开发区28472人，合肥循环经济示范园11300人。
2011年3月，撤销陈集乡，设立陈集镇。调整后，全县辖12个镇、5个乡、1个民族乡：店埠镇、撮镇镇、梁园镇、桥头集镇、长临河镇、石塘镇、古城镇、八斗镇、元疃镇、白龙镇、包公镇、陈集镇、众兴乡、张集乡、马湖乡、响导乡、杨店乡、牌坊回族满族乡。